三輪の神さまの荒魂をお祀りする神社

御本社から北東の方向、参道を北に道なりに進んだ先には、大神神社の摂社「狭井神社」の拝殿が西向きに建っています。
入母屋造の建築様式に、屋根は檜皮葺、正面には唐破風の向拝が設けられた社殿です。後方には渡り廊下と祝詞舎が続き、さらにその後ろには本殿が建っています。
歴史は古く、垂仁天皇が渟名城稚姫命（ぬなきわかひめのみこと）に命じ、創祀されたと伝わります。平安時代に編纂された延喜式には「狭井坐大神荒魂神社五座」との名で記されているのだそうです。大神神社のご祭神の荒魂（あらみたま）をお祀りしており、その荒々しい魂で病魔を祓う力があるとされています。病気平癒の神として篤く信仰を集める神さまです。

三輪山登拝口

狭井神社の境内、拝殿向かって右側には三輪山への登拝口が存在します。大神神社のご神体である三輪山は、禁足地として長年立ち入りが制限されていました。しかし信者の方々のご要望もあり、現在はお参り目的の人のみ入山が許されているそうです。
登拝をご希望される方は、狭井神社の社務所にお越しください。そこで登拝料を納め、申込用紙に住所、氏名、携帯電話の番号、緊急連絡先などの必要事項を記入し、神体山登拝受付所へご提出いただきます。
山では水分補給以外の飲食や火気の使用、カメラ等での撮影は禁止です。山頂までは約1時間、往復2時間、距離にして約4キロの道のりです。ご神体に立ち入るのだという事を念頭に置いて、約束事を守り、敬虔な心でお参りください。

鎮花祭

御本社と狭井大神では、毎年4月18日に鎮花祭が行われます。「はなしずめのまつり」または「薬まつり」とも呼ばれる、大神神社にとって重要なお祭りです。崇神天皇の時代に疫病が流行り、それを鎮遏（ちんあつ）するために始まったと言われています。701年には、国家の大祭として毎年かならず行うように定められました。
お祭り当日は、奈良や大阪、京都を始めとする製薬業者や医療関係者が参列し、多くの医薬品が神前に奉献されます。特殊神饌として「薬草の忍冬（すいかずら）」と「百合根」も供えられます。
祭典後は社会福祉施設などへ施薬されます。また期間限定で、疫病除け「鎮花御幣（ちんかごへい）」と、薬酒「忍冬酒」も授与されます。2000年の由緒を持つ、疫病除けの祭典です。