厳かな雰囲気の拝殿

二の鳥居から参道を進み、階段を登ると大注連縄があります。毎年12月の第二日曜日に大注連縄の飾り付けが行われます。長さ8メートル、重さ400キロです。大注連縄をくぐった先には拝殿が建っています。
主棟は桁行九間、梁間四間の大きな建物で、屋根の形状は切妻造です。向拝部は桁行一間、梁間三間の大きさで入母屋造、妻入、正面には千鳥唐破風の下に軒唐破風の向拝が設けられています。屋根は格式高い檜皮葺きです。1664年の江戸時代中期に徳川家綱によって再建され、1921年（大正10年）には国の重要文化財に指定された、貴重な建築物です。
大神神社には本殿がありません。拝殿からご神体である三輪山を拝む、古い信仰形態を残しています。
また拝殿前には「自祓（じばらい）」と呼ばれる大麻が用意されています。これは参拝する前に自らを祓い清めるための道具です。家族や友人など一緒に参拝に訪れた人々が、互いに祓い清めあう姿を見かけます。
また拝殿向拝に吊るされた大杉玉もみどころのひとつではないでしょうか。直径1.5メートル、重さ約200キロの巨大な杉玉です。参拝に訪れた際は、ぜひ頭上にも注目してみてください。

三ツ鳥居

拝殿と三輪山の境界には三ツ鳥居が建っています。1883年（明治16年）に再建されたと伝わる鳥居で、1953年（昭和28年）には国の重要文化財に指定されました。1959年（昭和34年）には修理も行われています。
神明鳥居の両側に脇鳥居を接続するという、鳥居を3つ組み合わせた特殊な形式であり、三輪鳥居とも言われています。この鳥居がいつどのように成立したのかは諸説ありますが、社記では「古来一社の神秘なり」とされているのだそうです。
この三ツ鳥居をとおしてご神体である三輪山を拝してきたことから、本殿に替わる神聖なものとして扱われてきました。またこの先は禁足地となります。

御祭神・ご利益

御祭神は大物主大神（おおものぬしのおおかみ）で配祀神に大己貴神 （おおなむちのかみ）と少彦名神 （すくなひこなのかみ）を祀ります。
大物主大神は大己貴神の和魂であるとされ、蛇神とも考えられています。大神神社で蛇は「巳みさん」と親しみを込めて呼ばれており、そのため境内にはお賽銭箱には卵が供えられているのを見かけます。
大神神社は人間生活の守護のご神徳がありますが、崇神天皇の時に流行した疫病を御祭神が沈めたということで「病気平癒」や大物主は「大いなる物の主」としてすべての精霊を統べるという意味とし、災いをなす精霊を鎮める霊威があることから「厄除け」「方位除け」のご利益が有名です。