本殿・幣殿・拝殿

本殿・幣殿・拝殿は行一間、梁間二間の切妻平入り、屋根は銅板葺です。拝殿以外は外から確認することが難しいですが、1910年（明治43年）に再建された御社殿は、簡素ながら質の高い建物であると評価され、2000年（平成12年）に国の登録有形文化財に指定されました。

ご祭神

ご祭神は日本医薬の祖神である少彦名命と、中国医薬の祖神である炎帝神農です。医薬の神様を祀る神社ですので病気平癒や健康成就のご利益があります。小彦名神社は、薬問屋が集まる道修町の人々が勧請して建立された神社であるので、医薬業に関わる人の崇敬も集めています。

伊勢神宮遥拝所

少彦名神社は、伊勢神宮に参拝するための伊勢講（伊勢神宮へ参拝することを目的とした集団）を起源とすることから、御社殿に向かって右手には伊勢神宮の遥拝所が設けられています。社務所では、伊勢神宮御札も授与していただけます。また理由はわかりませんが、遥拝所前に七福神像が並んでいます。
遙拝所には向かって右側にえびす大神、左側に大国主命の像があります。えびす大神は商売繁盛と福徳円満、大国主命はえんむすびと家内安全のご利益があります。遥拝所参拝後にそれぞれ参拝するもの良いでしょう。

屋久杉五社明神

また、拝殿に向かって右手にあるのが屋久杉五社明神です。宮司家が代々受け継いできた御祭神が祀られています。
真ん中が猿田彦社（さるたひこしゃ）で開運のご利益。
右隣（向かって左隣）には天鈿女社（あめのうずめしゃ）があり、諸芸上達のご利益。
左隣（向かって右隣）には金毘羅宮（こんぴらぐう）があり、金運のご利益。
一番右（向かって一番左）には水天宮（すいんぐう）があり、安産のご利益。
一番左（向かって一番右）には天満宮（てんまんぐう）があり、学問のご利益。
5つ合わせて屋久杉五社明神と呼ばれています。