二の鳥居手前にある神馬舎では、実際に神様に仕える神馬を間近で見ることができます（出社日のみ）。生きた神馬がいる神社は全国でも数えるほどしかなく、上賀茂神社ならではの貴重な見どころです。
上賀茂神社では、毎年5月に「賀茂競馬（かもくらべうま）」をはじめとした馬にまつわる神事が数多く執り行われています。これは、ご祭神・賀茂別雷大神が神山へ降臨される際、「馬に鈴を掛けて走らせなさい」とのお告げがあり、その教えをもとに神迎えの祭が行われたことに由来すると伝えられています。この故事から、上賀茂神社は「乗馬発祥の地」としても知られ、古くから馬との深い縁を受け継いできました。
現在の神馬は、2026年3月に奉仕を始めた11代目「神山号（こうやまごう）」です。先代が高齢となったことから代替わりし、新たな神馬として参拝者を迎えています。
神山号は、もともと中央競馬で活躍した競走馬「フジノタカネ号」です。父は名馬ハーツクライ、生産は日本有数の牧場であるノーザンファーム。セレクトセールで約4,000万円で落札され、中央競馬で3勝を挙げた後、阪神競馬場で誘導馬として活躍し、その後、上賀茂神社の神馬となりました。
現在は真っ白な姿が印象的ですが、毛色は厳密には「芦毛」です。芦毛は若い頃は灰色で、年齢を重ねるにつれて白く変化していく特徴があり、純粋な白毛とは異なります。その美しい姿は多くの参拝者を魅了しています。
神馬の飼育には多くの費用と人手が必要なため、生きた神馬を大切に育てている神社は全国的にも非常に珍しい存在です。神馬が出社している日には、ニンジンをあげたり、神山号とのふれあいを楽しんだりすることができます。横から写真を撮影することもできるため、家族連れやカップルにも人気のスポットです。参拝前には上賀茂神社のホームページやSNSで神馬の出社日を確認し、神様に仕える神馬との特別な時間を楽しんでみてください。