元宮

御本殿にむかって左側の回廊外側の小さなお社が本宮で、鎮霊社と並んでいます。幕末、国事に倒れた志士の霊を慰めようと、1863年（文久3年）、京都において国学者の福羽美静らが、ひそかに招魂の祠を建てました。これがいわば靖国神社のルーツをなすものとして、本宮と称します。
本宮とはいえ、靖国神社との直接の関係はありません。福羽美静は言わば個人での建立ですが、靖国神社（前身の東京招魂社）は政府が戊辰戦争の犠牲者（新政府側のみ）を合祀するために建立されたものです。それぞれ別のものとなっています。ただ「幕末、国事に倒れた志士の霊を慰めるため」という神社の建立の目的は同じため本宮とよばれています。
福羽美静らが建立した小祠は約70年後の1931年（昭和6年）、靖国神社に奉納されました。

鎮霊社

元宮よりも手前（向かって左）にある鎮霊社では、1853年（嘉永6年）以降の、御本殿に祀られていない氏名末詳の戦没者と、世界中で戦争のために亡くなられた方々すべての霊を祀っています。靖国神社では1853年～第二次世界大戦までの戦没者が「英霊」として祀られていますが、戦争で亡くなった一般の人（東京大空襲や沖縄の地上戦など）や外国人は合祀の対象ではなく祀られていません。また明治維新での紛争で亡くなった人でも新政府側の人であり、戊辰戦争で亡くなった江戸幕府側の人間や西南戦争の西郷隆盛などは祀られていません。そこで靖国神社に祀られない御霊を祀るためにできたのが鎮霊社です。
鎮霊社は、筑波藤麿（つくばふじまろ）宮司の発案で1965年（昭和40年）の創建です。

社殿には近づけない

元宮・鎮霊社は、以前は一般の参拝ができませんでしたが、2006年（平成18年）から一般の人でも参拝が可能になりました。ただ、参道から少しずれたところにあり、人目に付きにくい場所にもあるので防犯上良くないということと、2014年（平成26年）には鎮霊社付近で放火事件がおきました。そのような経緯から現在は近づいての参拝はできません。