元宮

御本殿に向かって左側、回廊の外側にある小さな社が元宮で、鎮霊社と並んで建っています。
幕末の1863年（文久3年）、国学者・福羽美静らが京都で、国事に倒れた志士たちの霊を慰めるため、ひそかに招魂の祠を建てました。これが靖国神社の精神的な原点とされることから、「元宮」と称されています。
現在の靖国神社（前身・東京招魂社）は明治政府によって創建された神社であり、福羽美静らが建立した招魂の祠とは別のものです。しかし、国のために亡くなった人々を慰霊するという理念を受け継ぐ存在として、1931年（昭和6年）に福羽美静らが建立した小祠が靖国神社へ奉納され、現在の元宮となりました。

鎮霊社

元宮の手前（向かって左側）にあるのが鎮霊社です。
1965年（昭和40年）、筑波藤麿宮司の発案により創建され、靖国神社本殿に祀られていない氏名不詳の戦没者や、世界中で戦争によって亡くなられたすべての人々の御霊を慰霊するために建てられました。
靖国神社本殿には、幕末から第二次世界大戦までの英霊が祀られていますが、戦争で亡くなった一般市民や、氏名が判明していない戦没者などは合祀の対象となっていません。また、戊辰戦争で旧幕府側として戦った人々なども祀られていないため、そのようなすべての御霊へ祈りを捧げる場として鎮霊社が設けられました。

社殿には近づけない

元宮・鎮霊社は、以前は一般の参拝ができませんでしたが、2006年（平成18年）から一般参拝が可能となりました。
しかし、参道から少し離れた場所にあることや、防犯上の理由などから、現在は社殿の近くまで立ち入ることはできません。参拝の際は参道から静かに手を合わせる形となっています。