神明造の美しい本殿

拝殿の奥、左右の回廊に囲まれた神域の中心に建つのが本殿です。第一鳥居から第二鳥居、神門、中門鳥居、拝殿、本殿までが一直線に配置されており、靖国神社ならではの端正で美しい境内景観を形づくっています。
本殿は1872年（明治5年）に創建され、設計は建築家・伊藤平左衛門（いとうへいざえもん）が手掛けました。関東大震災や東京大空襲による被害を免れ、創建当時の姿を今に伝える貴重な社殿です。昭和61年から平成元年にかけて約3年を費やした「昭和の大修築」では、屋根の葺き替えをはじめ大規模な保存修理が行われ、歴史ある建物が現在まで大切に受け継がれています。
建物は桁行三間、梁間四間の神明造で、日本最古の神社建築様式の一つとされています。屋根は銅板葺で、伊勢神宮と同じ七本の堅魚木（かつおぎ）と二本の千木が据えられています。無駄な装飾を抑えた直線的な美しさが特徴で、唐破風を持つ優雅な拝殿とは対照的な建築美を楽しめます。拝殿と回廊が一体となった社殿全体の姿は重厚感があり、靖国神社を代表する景観となっています。
本殿前の中庭には鹿島砂利が美しく敷き詰められ、厳かな雰囲気を演出しています。また、1905年（明治38年）には閑院宮載仁親王がお手植えした樹齢100年以上の月桂樹が植えられています。通常は拝殿前からの参拝となるため近くで見ることはできませんが、正式参拝では本殿近くまで進み、こうした神域の景観を間近に感じることができます。
靖国神社では、本殿・拝殿・靖國会館・到着殿・靖泉亭・能楽堂・遊就館が、2003年（平成15年）に千代田区景観まちづくり重要物件に指定されています。

御祭神

靖国神社の御祭神は、護国の英霊246万6千余柱です。「柱（はしら）」は神様の数を数える単位であり、日本でも屈指の祭神数を誇ります。
祀られているのは、明治維新の動乱である戊辰戦争や西南戦争、日清戦争、日露戦争、第一次世界大戦、満洲事変、支那事変、そして大東亜戦争（第二次世界大戦）まで、国のために命を落とした人々です。坂本龍馬や吉田松陰、高杉晋作など幕末の志士をはじめ、多くの戦没者が祀られています。
祭神には軍人だけでなく、従軍看護婦や学徒、軍需工場で亡くなった人々なども含まれます。また、日本人だけでなく、当時日本統治下にあった台湾や朝鮮半島出身者も合祀されています。
一方で、戦争で亡くなったすべての人が祀られているわけではありません。靖国神社では一定の基準に基づいて祭神が定められており、旧幕府側で戦った人々や西南戦争の西郷隆盛などは合祀されていません。また、空襲や沖縄戦などで亡くなった一般の民間人も祭神の対象には含まれていません。
現在の本殿には、護国の英霊246万6千余柱を一座として祀るほか、1959年（昭和34年）の創建90年を記念し、台湾神宮・台南神社に祀られていた北白川宮能久親王と、蒙疆神社に祀られていた北白川宮永久王を遷座合祀した一座が加えられています。そのため、本殿には現在二座の神々が祀られています。

正式参拝

通常の参拝では拝殿前からお参りしますが、参集殿で正式参拝を申し込むと、本殿近くまで進み玉串を奉る正式な参拝を行うことができます。一般の参拝では立ち入れない神域へ入れるため、靖国神社をより深く感じられる貴重な機会です。
受付時間は3月から10月までは8時から16時30分まで、11月から2月までは8時から16時までです。2024年（令和6年）1月から玉串料は5,000円以上となっています。服装に厳格な指定はありませんが、神前に進むため露出の多い服装などは避けるのが望ましいでしょう。
参集殿には手水舎も設けられており、参拝前に身を清めることができます。この手水盤は、かつて神門前で使用されていたものが移設されたもので、現在も大切に受け継がれています。