霧島神宮には摂社・末社が7社あります。ここでは、境内で参拝できる主な境内社を紹介します。

税所神社

「税所」とは租税の徴収を司る役職のことで、その職を代々世襲してきた税所家の祖である藤原篤如命（ふじはらあつゆきのみこと）を祀っています。藤原篤如命は宇多天皇の皇子・篤房親王の孫で、霧島神宮の座主職や鹿児島神宮の政所職などを務めた人物です。
税所家は霧島神宮の神職として神社の運営や祭祀を支え、租税徴収などの重要な役割も担ってきました。神宮の長い歴史を陰で支えてきた一族を顕彰する神社として、現在も大切に祀られています。

鎮守神社

鎮守神社は霧島神宮の境内末社で、御祭神は天照大神（あまてらすおおみかみ）です。現在の鎮座地は、かつて華林寺の境内であった場所にあたります。
霧島神宮は神仏習合の時代、華林寺と深い関わりを持っていました。鎮守神社はその歴史を今に伝える境内社の一つであり、霧島神宮の歩みを知るうえでも見逃せない存在です。近くには性空上人墓があります。性空上人は、噴火によって焼失した霧島神宮を瀬多尾越に再興したと伝わる高僧で、現在その場所は「霧島神宮古宮址」として知られています。

若宮神社

若宮神社は霧島神宮の境内末社で、御手洗川の上に建てられています。祭神は天忍雲根命（あめのおしくもねのみこと）、水波能売命（みづはのめのかみ）、市杵島姫命（いちきしまひめのみこと）、大名牟遅神（おおなむちのかみ）の4柱です。
社殿の足元を流れる御手洗川は、霧島七不思議の一つとして知られています。11月頃から4月頃までは水が枯れ、5月頃になると豊富な湧水が流れ始めるという不思議な川で、古くから神秘的な場所として信仰されてきました。
若宮神社には水にゆかりの深い神々が祀られており、御手洗川とあわせて参拝すると、霧島神宮ならではの自然と信仰の結び付きを感じることができます。

門守神社

勅使殿の前に左右一対で鎮座する門守神社は、霧島神宮の末社です。祭神は櫛磐間戸神（くしいわまどのみこと）と豊磐間戸神（とよいわまどのみこと）の二柱で、門を守護する神として祀られています。
境内へ入る参拝者を迎えるように建ち、神域を邪気から守る重要な役割を担う神社です。本殿へ向かう途中にあるため、社殿へ参拝する前にあわせて手を合わせておきたい境内社の一つです。