国の指定天然記念物

鵜戸神宮北側の裏山、杉が混在する自然林のくぼ地には「鵜戸ヘゴ自生北限地帯」があります。ヘゴとは、湿度の高い林の中を好む木生シダのことです。茎の高さは4メートルにも達し、2メートルもの葉が八方に広がります。通常は九州南部や小笠原諸島、沖縄などに分布しており、鵜戸神宮のヘゴは自生地としては最北端にあたります。
1968年（昭和43年）、鵜戸神宮のヘゴは国の天然記念物に指定されました。これは「ヘゴ自生北限地帯」として1926年（大正15年）に既に指定されていた東京都、長崎県、鹿児島県、宮崎県の1都3県の天然記念物に新たに追加されたものです。指定当時は樹齢20年から50年のヘゴが20本ほど自生しておりました。
しかし1976年（昭和51年）の寒波の影響で多くが枯れてしまいました。その後調査が行われ、高さ10センチから50センチのヘゴが約30本自生していることが確認されています。
近年では、日南市内の星倉や吉野方でもヘゴの生育が確認されています。特に吉野方では、高さ2メートルを含む約30本近いヘゴが自生していることが、1999年度（平成11年）の調査で判明しました。