ご祭神の第一皇子をお祀りする神社

岩窟の中、御本殿左側に鎮座するのは末社「皇子神社」です。瑞垣に囲まれた朱色のお社で、屋根には千鳥破風と唐破風が設けられています。もともとは吹毛井（ふけい）の船形山（ふながたやま）に鎮座していましたが、明治維新の後に、現在の場所に移されたと伝わります。1977年（昭和52年）には、旧社地にてご神体の一部を移して祀り直しました。
皇子神社では彦五瀬命（ひこいつせのみこと）をお祀りしています。日子波瀲武鸕鷀草葺不合尊の第一皇子であり、初代天皇である神武天皇の長兄にあたる神さまです。
神武天皇と共に東征に参加しましたが、大和地方の指導者のひとりである長髄彦との戦いで傷を負い、命を落としました。和歌山県和歌山市の竈山神社には彦五瀬命の陵墓が残されています。