国の天然記念物に指定された原始林

大山祇神社の境内には、数多くのクスノキが群生しています。幹周1メートル以上の大木が38本、それ以下のものも数百本を数え、1951年（昭和26年）に「大山祇神社のクスノキ群」として国の天然記念物に指定されました。かつて大三島はクスノキやトベラ、ウバメガシの原生林に覆われていましたが、伐採や洪水などの影響で明治時代までにほとんど失われ、現在は大山祇神社周辺にその面影を残すのみとなっています。
1322年（元亨2年）の兵火や1722年（享保7年）の大洪水など、このクスノキ群も幾度となく被害を受けてきました。それでも境内には今なお多くの巨樹が立ち並び、御神木「乎知命御手植の楠」をはじめ、「能因法師雨乞いの楠」「河野通有兜掛の楠」など、歴史ある楠が点在しています。