三穂津姫社

御本宮と並び鎮座するのは三穂津姫社（みほつひめのやしろ）です。御祭神である大物主神の妃神「三穂津姫命」をお祀りする神社です。御本宮についで格式が高く、別宮とも呼ばれています。
神仏習合時代は、金毘羅大権現の観音堂として使われていました。御本尊であった十一面観音菩薩は、現在宝物館にて展示されています。
現在の社殿は、1876年（明治8年）に造営されました。本殿・中殿・拝殿の三棟で構成されており、本殿は王子造、中殿は両下造、拝殿は正面に千鳥破風や向拝、軒唐破風が設けられた大社関棟造となります。いずれの建物も屋根は檜皮葺で仕上げられています。2024年（令和6年）には国の重要文化財に指定されました。
三穂津姫社の特徴のひとつに、御本宮と同様の構成が挙げられます。三穂津姫社向かって右側には神饌殿（しんせんでん）、向かって左側には直所（じきしょ）を確認することができます。
神饌殿は1875年（明治8年）に造営された木造、入母屋造の建物で、屋根は檜皮葺です。御本宮と繋がる南渡殿が接続されています。神饌殿、南渡殿とも2024年（令和6年）に国の重要文化財に指定されました。
直所は1875年（明治8年）に造営されました。木造、入母屋造の建物で屋根は檜皮葺です。北面と西面には渡り廊下が附属しています。こちらも同様に、2024年（令和6年）に国の重要文化財に指定されました。