珍しい建築様式

金刀比羅宮の御本宮は、長い表参道の石段を上った先、琴平山の中腹に鎮座しています。本殿・中殿・拝殿で構成されており、本殿は入母屋造、中殿は両下造、拝殿は入母屋造に千鳥破風や唐破風を多用した特徴的な複合社殿です。いずれも素木造り、屋根は檜皮葺で仕上げられています。
大社関棟造（たいしゃせきむねづくり）と呼ばれる、金刀比羅宮のみでしか見ることのできない珍しい建築様式です。
御本宮の社殿が創建された時期は不明です。記録に残る最古の改築は1001年に第66代一條天皇の命により藤原實秋が手がけたものになります。その後、1573年に改築が行われ、1573年から1592年には長曽我部元親による再建、さらに1659年には讃岐国高松藩主の松平頼重による改築が実施されました。そして1878年（明治11年）の改築により、現在の社殿の姿が完成したと伝わります。仏教色を排したその姿は神仏分離による境内改編の様相を伝えており、その歴史的価値の高さから2024年に国の重要文化財に指定されました。
本殿から向かって右側には神饌殿があります。1875年（明治8年）に造営された、入母屋造、檜皮葺の建物です。神に供える神饌を調達する場所であり、拝殿とは北渡殿で繋がれています。本殿・中殿・拝殿と同時期の2024年（令和6年）に、国の重要文化財に指定されました。
神饌殿のさらに右側、本殿の背後には禁足区域の森が広がります。この森の中には洞窟があり、金毘羅大権現が鎮座していると言い伝えが残されています。
本殿から向かって左側には、神職の詰所である直所があります。1875年（明治8年）に造営された、入母屋造、檜皮葺の建物で、三穂津姫社と繋がる南渡殿が設けられています。本殿・中殿・拝殿、神饌殿と同じく、2024年（令和6年）に、国の重要文化財に指定されました。

桜樹木地蒔絵が施された美しい社殿

御本宮の特徴のひとつに、壁板や天井に施された桜樹木地（おうじゆきじ）蒔絵が挙げられます。東京の蒔絵師（まきえし）である、山形屋治郎兵衛（やまがたやじろべえ）らの作品です。
造営当時は「この世のものとは思えない」と称されるほどの美しさを誇っていましたが、時を経るにつれて経年劣化が進み、原型を留めないほどに傷んでいました。
金刀比羅宮では33年を式年として大遷座祭が執り行われており、2004年の「平成の大遷座祭」を機に、人間国宝の室瀬和美氏、山下義人氏のもとで見事に復元されています。