御祭神をお祀りする神聖な場所

東廻廊を進んだ先には御本社が北西向きに鎮座しています。境内のなかで最も重要な場所であり、奥から本殿、幣殿、拝殿、祓殿の順に構成されているのが特徴です。さらに祓殿の前には平舞台や高舞台が海上へ向かって広がり、その先に大鳥居が位置しています。本殿から大鳥居までがほぼ一直線に並ぶ、厳島神社を象徴する社殿配置です。
御祭神は、市杵島姫命（いちきしまひめのみこと）、田心姫命（たごりひめのみこと）、湍津姫命（たぎつひめのみこと）の3神がお祀りされています。厳島神社の主祭神であり、宗像三女神と総称される神さまです。海上交通や運輸、財福、技芸の神として人々から篤く信仰されています。
現在の御本社は、平清盛によって整えられた平安時代末期の社殿構成を受け継いでいると考えられています。1223年（貞応2年）の火災後、1241年（仁治2年）に幣殿・拝殿・祓殿などが再建され、本殿は1571年（元亀2年）に再建されました。本殿・幣殿・拝殿と祓殿は1899年（明治32年）に重要文化財となり、1952年（昭和27年）には国宝に指定されています。
御本社のなかで一番奥まった場所に位置するのが本殿です。建物の大きさは、桁行正面八間、背面九間、梁間四間、両流造で、屋根は檜皮葺の工法で造られています。正面と背面で柱間の数が異なる特徴的な構造を持ち、国内でも最大級の規模を誇る本殿です。
現在の御本社は、平清盛によって整えられた平安時代末期の社殿構成を受け継いでいると考えられています。1223年（貞応2年）の火災後、1241年（仁治2年）に幣殿・拝殿・祓殿などが再建され、本殿は1571年（元亀2年）に再建されました。本殿・幣殿・拝殿と祓殿は1899年（明治32年）に重要文化財となり、1952年（昭和27年）には国宝に指定されています。
また、本殿の裏側は後園（うしろその）と呼ばれる禁足地です。周りには玉垣が建てられ、中央には不明門と呼ばれる本瓦葺の四脚門が建っています。ご祭神が弥山から厳島神社へと降りる際に通る門だと伝えられています。本殿だけでなく、その背後まで神聖な空間として守られていることが分かります。
奥に見える菱格子の手前が幣殿になります。桁行一間、梁間一間、両下造、屋根は檜皮葺の社殿です。1241年（仁治2年）に造営された建物で、柱間の広さが拝殿中央と同じであり、四枚の引逢い格子戸によって間仕切りされています。幣殿は本殿と拝殿の間をつなぎ、この3つの建物は一体となって一棟を構成しています。
幣殿の手前、釣灯籠の下がる場所は拝殿です。桁行十間、梁間三間、入母屋造で、建物の左右両端には縋破風が取り付けられており、屋根は檜皮葺になります。背面の左右両端には庇が付いており、建物との間に空間を確認することができます。こちらも幣殿と同じく1241年（仁治2年）に造営されました。
訪れた際は、ぜひ拝殿内部の天井にもご注目ください。内部では2つの化粧屋根裏を見ることができ、この独特の構成は三棟造と呼ばれています。外側から眺めるだけでは分かりにくい、御本社の古い建築様式を間近で確認できるポイントです。
また、本殿と拝殿の間は幣殿によってつなげられており、全体を一棟とする形式で建てられているのが特徴です。文化庁の解説では、本殿と拝殿を幣殿で結ぶことでH字型の棟を形成し、さらに祓殿の屋根も拝殿へ接続しています。個々の建物を見るだけでなく、複数の社殿が連続してひとつの御本社を形づくっている点にも注目です。
拝殿の左右にある内侍橋も見どころのひとつです。各桁行一間、梁間一間の小さな橋で、切妻造、檜皮葺の屋根が設けられています。厳島神社の巫女である内侍が、かつてこの橋を渡って神饌をお供えしたと伝わります。左右内侍橋は本殿・幣殿・拝殿に附属する建造物として国宝指定に含まれています。
拝殿の手前にあるのは祓殿です。桁行六間、梁間三間、入母屋造の妻入で、屋根は檜皮葺の工法で葺かれています。幣殿や拝殿と同じく1241年（仁治2年）に造営された、全面吹き放しの建物です。かつて米相場が統制されるまでは、この場所で米相場が立っていました。
祓殿の左右には東廻廊と西廻廊が接続し、正面には平舞台、その中央には高舞台が設けられています。御本社の中心から海上の大鳥居へと視線がまっすぐ伸びる場所であり、大鳥居を望む絶景ポイントのひとつです。潮が満ちると祓殿の前まで海が広がり、海上に建つ厳島神社ならではの景観を楽しむことができます。
祓殿天井は折上小組格天井で、頼政灯籠と呼ばれる釣灯籠を見ることができます。源頼政にまつわる灯籠として伝えられ、その子孫によって追善のために奉納されたものです。現在吊るされているものは青銅製のレプリカとなっています。