ご祭神をお祀りする神聖な場所

東廻廊を進んだ先には御本社が北西向きに鎮座しています。境内のなかで最も重要な場所であり、奥から本殿、幣殿、拝殿、祓殿の順に構成されているのが特徴です。
御祭神は、市杵島姫命（いちきしまひめのみこと）、田心姫命（たごりひめのみこと）、湍津姫命（たぎつひめのみこと）の3神がお祀りされています。嚴島神社の主祭神であり、宗像三女神と総称される神さまです。海上交通や運輸、財福、技芸の神として人々から篤く信仰されています。1952年（昭和27年）には国宝に指定された、貴重な社殿です。
御本社のなかで一番奥まった場所に位置するのが本殿です。建物の大きさは、桁行正面八間、背面九間、梁間四間、両流造で屋根は檜皮葺の工法で造られています。日本最大級の広さを誇る本殿であり、1571年の室町時代に毛利元就と毛利輝元によって再建されました。
実は本殿は、幣殿や拝殿、祓殿と建て替え時期が異なります。1569年、毛利元就と対立した備後の豪族である和智兄弟が神社の本殿に立てこもり、殺害されるという事件が起こりました。社殿が血で穢されたため、建て替えられたと伝わります。
また、本殿の裏側は後園（うしろその）と呼ばれる禁足地です。周りには玉垣が建てられ、中央には不明門と呼ばれる本瓦葺の四脚門が建っています。ご祭神が弥山から嚴島神社へと降りる際に通る門だと言われています。
奥に見える菱格子の手前が幣殿になります。桁行一間、梁間一間、両下造、屋根は檜皮葺の社殿です。1241年に造営された建物で、柱間の広さが拝殿中央と同じであり、四枚の引逢い格子戸にて間仕切されています。
幣殿の手前、釣灯籠の下がる場所は拝殿です。桁行十間、梁間三間、入母屋造、建物の左右両端には縋破風が取り付けられており、屋根は檜皮葺になります。背面の左右両端には庇が付いており、建物との間に空間を確認することができます。こちらも幣殿と同じく1241年に造営されました。訪れた際は、ぜひ拝殿内部の天井にもご注目ください。ふたつの化粧屋根裏を見ることが出来ます。これは奈良時代の建築様式であり、三棟造と呼ばれています。
また、本殿と拝殿の間は幣殿にて繋げられており、全体を一棟とする形式で建てられているのが特徴です。
拝殿の左右にある内侍橋も見どころのひとつです。各桁行一間，梁間一間の小さな橋で、切妻造、檜皮葺の屋根が設けられています。嚴島神社の巫女である内侍が、かつてこの橋を渡って神饌をお供えしたと伝わります。
拝殿の手間にあるのは祓殿です。桁行六間、梁間三間、入母屋造の妻入で、屋根は檜皮葺の工法で葺かれています。幣殿や拝殿と同じく1241年に造営された、全面吹き放しの建物です。かつて米相場が統制されるまでは、この場所で米相場が立っていました。大鳥居を望む絶景ポイントのひとつであり、また東廻廊と西廻廊は、この祓殿の側面へと接続されています。
祓殿天井は折上小組格天井で、頼政灯籠と呼ばれる釣灯籠を見ることができます。第29代の子孫が追善のために奉納した鉄製の灯籠ですが、現在吊るされているものは青銅製のレプリカです。