大神神社には40社をこえる摂末社があり、その多くが御神体である三輪山の山中や山麓に鎮座しています。
御祭神・大物主大神の御子神やご子孫を祀る神社をはじめ、大神神社の祭祀や三輪の町の歴史と深く結びついた神社も少なくありません。
ここでは三輪山の山頂に鎮座する高宮神社をはじめ、御本社周辺で参拝できる主な摂末社をご紹介します。

摂社「高宮神社」

三輪山の山頂には、摂社「高宮神社（こうのみやじんじゃ）」が鎮座しています。御祭神は大物主大神の御子神とされる日向御子神（ひむかのみこのかみ）です。
三輪山の山頂に鎮座するため、高宮神社へ参拝するには狭井神社の登拝口から御神体である三輪山へ登る必要があります。
高宮神社は古くから雨乞いとも深い関係を持ち、旱魃の際には郷中の人々が三輪山へ登り、降雨を祈ったと伝えられています。神職が登拝して祈雨祭を行った記録も残されています。
また、高宮神社の北東には三輪山の中でも特に神聖な場所とされる「奥津磐座」があります。奥津磐座は三輪山に点在する磐座群の中でも山頂付近に位置し、大物主大神を祀る磐座と伝えられています。

摂社「神坐日向神社」

成願稲荷神社から大行事社方面へ進んだ先には、摂社「神坐日向神社（みわにますひむかいじんじゃ）」が鎮座しています。
御祭神は櫛御方命（くしみかたのみこと）・飯肩巣見命（いいかたすみのみこと）・建甕槌命（たけみかづちのみこと）。大物主大神の御子神やご子孫にあたる神々がお祀りされています。
『延喜式』神名帳にも記載される式内社で、古絵図には「御子宮」として描かれています。現在の社殿が北向きに建てられているのも特徴です。
神坐日向神社については、現在の鎮座地とは別に、三輪山山頂の高宮神社を式内社「神坐日向神社」に比定する説も古くからあります。三輪山における太陽祭祀との関係も指摘されるなど、大神神社の摂社の中でも興味深い由緒を持つ神社です。

末社「天皇社」

末社「天皇社（てんのうしゃ）」には、第10代崇神天皇がお祀りされています。
崇神天皇は大神神社と非常に関係の深い天皇です。『古事記』『日本書紀』によると、御代に疫病が流行した際、大物主大神の神意に従って大直禰子命を探し出し、祭主として大物主大神をお祀りさせました。すると疫病が収まり、国に平安が戻ったと伝えられています。
また、宮中でお祀りされていた天照大御神を皇女・豊鍬入姫命に託し、倭笠縫邑へ遷したのも崇神天皇の御代です。倭笠縫邑の伝承地とされるのが、大神神社の摂社・檜原神社です。
大神神社の祭祀を整え、三輪山信仰の歴史に大きな足跡を残した天皇をお祀りする末社です。

末社「成願稲荷神社」

末社「成願稲荷神社（じょうがんいなりじんじゃ）」は、大神神社に存在した神宮寺のひとつで、尼寺であった浄願寺の鎮守として鎌倉時代に創祀された神社です。
御祭神は宇迦御魂神（うかのみたまのかみ）。食物を司る神として知られ、「お稲荷さん」として広く信仰されている神様です。
商売繁盛・開運招福・心願成就などに御神徳があるとされ、現在も朱色の鳥居が並ぶ境内には稲荷信仰らしい景観が残されています。
毎年3月の初午の日には例祭が行われます。
大神神社では明治時代の神仏分離まで複数の神宮寺が存在していました。成願稲荷神社は、そうした大神神社の神仏習合時代の歴史を現在に伝える神社のひとつでもあります。

末社「大行事社」

成願稲荷神社を過ぎてさらに進んだ高台には、末社「大行事社（だいぎょうじしゃ）」が鎮座しています。
御祭神は事代主神（ことしろぬしのかみ）・八尋熊鰐神（やひろのわにのかみ）・加屋奈流美神（かやなるみのかみ）の三柱です。
事代主神は「恵比須さん」として親しまれる神様で、大行事社は三輪の町に鎮座する三輪坐恵比須神社の元宮とされています。
三輪山麓には古代、日本最古の市場ともいわれる「海石榴市（つばいち）」があったとされ、その後も三輪の地では市場が栄えました。大行事社の神々はこうした市場の守護神として信仰され、特に三輪の名産である三輪素麺との関係が深く、「三輪素麺の相場の神様」としても崇敬されています。
毎年2月6日に行われる三輪坐恵比須神社の例祭では、その元宮である大行事社にも神饌が供えられます。
三輪の町に栄えた市場や商業、そして現在まで続く三輪素麺の歴史を伝える、大神神社ならではの末社です。