原始の神祀りの姿を残す「磐座神社」

拝殿から北へ進み、狭井神社へ向かう参道の途中、くすり道と重なる辺りに大神神社の摂社「磐座神社（いわくらじんじゃ）」が鎮座しています。
一般的な神社のような社殿はありません。鳥居をくぐると瑞垣に囲まれた大きな岩があり、この磐座そのものを神の鎮まる御神座としてお祀りしています。建物の中に神を祀る以前の、自然そのものを神聖なものとして崇めた古い神祀りの姿を目の前で見ることができる神社です。
御祭神は少彦名神（すくなひこなのかみ）。大物主大神とともに国造りを行った神で、医薬の神として篤く信仰されています。磐座神社から狭井神社へ続く「くすり道」には、製薬会社など医薬関係者から奉納された薬木・薬草が植えられており、少彦名神を祀る磐座神社、くすり道、病気平癒の信仰を集める狭井神社と、医薬にまつわる信仰が続いています。

三輪山に点在する「磐座」

御神体である三輪山には、古くから神霊が鎮まるとされた磐座が数多く存在します。
嘉禄2年（1226）の『大三輪神三社鎮座次第』には、山頂の「奥津磐座」に大物主大神、中腹の「中津磐座」に大己貴神、山麓の「辺津磐座」に少彦名神が鎮まることが記されています。
ただし、奥津磐座・中津磐座・辺津磐座は、それぞれ一つの岩だけを指すとは限りません。特に中津磐座と辺津磐座は多数の磐座が存在するため、山頂・中腹・山麓という区域ごとの磐座群として捉える考え方があります。
三輪山祭祀については、祭祀のたびに用いる磐座が変わったとする説も伝わっています。また、山頂の奥津磐座に対して山麓の3か所から祭祀を行い、その祭祀線上に中津磐座や辺津磐座が存在したとする説もあります。
この考え方は、拝殿奥に建つ三ツ鳥居とも深く結びついています。三ツ鳥居は中央が大物主大神、向かって右が大己貴神、左が少彦名神に対応し、それぞれ奥津磐座・中津磐座・辺津磐座へとつながる祭祀線を想定する説があります。中世末期の三輪山を描いた古絵図にも、こうした三輪山祭祀の姿をうかがわせる表現が残されています。
三輪山には現在も大小さまざまな磐座が点在しています。大神神社では本殿を設けず、三ツ鳥居を通して御神体である三輪山を拝します。そして磐座神社でも社殿を設けず、神の御座である岩そのものを拝します。
神を建物の中に祀るのではなく、山や岩に神が鎮まると考えて直接拝する。磐座神社は、大神神社が現在まで受け継いできた古い神祀りの姿を、もっとも分かりやすく感じられる場所のひとつです。