大物主大神の化身である白蛇が棲む霊木

拝殿前の斎庭、その南側に「巳の神杉（みのかみすぎ）」と呼ばれる、瑞垣で囲まれた二股の大杉を見ることができます。推定樹齢は約400年、拝殿と同時期に植えられたと考えられています。江戸時代の書物にも巳の神杉と思われる杉の大木が描かれており、そこには「雨降りの杉」と記入されているのだそうです。三輪信仰において、杉は霊木として神聖視されてきたことが分かります。
杉の根方には穴があいており、そこには白蛇がいつの間にか棲みついていたのだそうです。それが三輪の大物主大神の化身「白蛇」として畏敬されるようになりました。巳の神杉の名の由来とも言われています。大神神社ではこの白蛇を「巳さん」と呼んでおり、幸運をもたらしてくれると信じられてきました。巳さんは長さ2メートルを越える青大将で、大変きれいな色をしているのだそうです。日の光によって、時には黄金に輝き、また時には青く見えると言われています。かつては参拝者がお供えした生卵をのむ姿や、夏場に谷川まで降りてくる姿を見かけたそうです。
巳さんは心願成就のご霊験があるとして、おもに芸能人や飲食業の人から信仰されています。
穴から出てきた形で吉凶を占う人もいらっしゃるそうです。現在も杉の前にはお賽銭箱が設けられており、その上には沢山の卵や酒がお供えされています。