神杉

石上神宮の境内には、御神木として崇敬される2本の「神杉（かみすぎ）」があります。
大鳥居近く西側に立つ神杉は、樹齢約400年、幹周り約4.1m、高さ約35mに及ぶ巨木です。もう1本は、参道と「山の辺の道」が交差する付近、楼門へ向かって左手に立っており、樹齢350年以上、幹周り約3.4m、高さ約30mと伝えられています。いずれも石上神宮を代表する御神木として、古くから大切に守られてきました。
神杉には、石上神宮に伝わる昔話があります。昔、布留川の下流で洗濯をしていた女性のもとへ、川上から一本の鉾が流れ着きました。女性は、その鉾を川のほとりに立てて丁寧にお祀りしたところ、不思議と人々は災いなく平和に暮らせるようになったといいます。
やがて長い年月が過ぎ、鉾は風雨にさらされて朽ちてしまいました。そこで人々は、鉾の矛先を地中に埋めて祀りました。すると、その場所から一本の杉が芽吹き、やがて大きな杉の木へ成長したと伝えられています。これが、現在の「神杉」の由来とされています。

大イチョウ

石上神宮の境内には、秋になると黄金色に染まる「大イチョウ（おおいちょう）」があります。拝殿や楼門へ続く参道近くに立つ巨木で、石上神宮の秋を象徴する存在として知られています。
大イチョウは、樹齢約300年、高さ約30m、幹周り約3.26mに及ぶ大木です。高さがあるため、黄葉の時期にはJR天理駅2階ホームや天理市内の各所からその姿を見ることができます。11月下旬から12月頃にかけて境内を鮮やかな黄色に彩り、石上神宮を代表する秋の景観のひとつとなっています。
また、12月には撤饌（てっせん）として銀杏が分けられることでも知られています。
イチョウは、中国から仏教伝来とともに日本へ渡来した樹木とされ、古くから神社や寺院の境内に植えられてきました。境内に立つこの大イチョウも、長い年月にわたり石上神宮を見守り続けてきた御神木のひとつです。
さらにイチョウは、現生種が1種しか存在しない非常に古い植物で、「生きている化石」とも呼ばれています。石上神宮の大イチョウも、歴史ある社叢（しゃそう）を構成する貴重な樹木として大切に守られています。

イチイガシの巨樹

石上神宮の境内には、「イチイガシの巨樹」と呼ばれる大木があります。楼門前からさらに参道を東へ進んだ場所に立っており、石上神宮の豊かな社叢（しゃそう）を代表する樹木のひとつとして知られています。
このイチイガシは、樹齢約300年、樹高約25m、幹周り約4.15mに及ぶ巨木です。大きく枝を広げた姿は存在感があり、長い年月にわたり石上神宮の神域を見守り続けてきました。
イチイガシは、ブナ科コナラ属に分類される常緑高木で、西日本を中心に分布する樹木です。材が非常に硬く丈夫なことから、古くは建築材や農具などにも利用されてきました。また、照葉樹林を構成する代表的な樹種のひとつとしても知られています。
石上神宮のイチイガシの巨樹も、かつてこの地域に広がっていた照葉樹林の植生を今に伝える存在とされており、歴史ある社叢の自然環境を象徴する大木となっています。

石上神宮社叢

日本最古の道「山の辺の道」が通る境内は、万葉集に記されている 桧原の検証資料として、また古来の植生を示すものとして大変貴重とされています。
1967（昭和42）年に、周辺の地域を含め「歴史的風土石上神宮特別保存地区」 に指定。1995（平成7）年には境内のうち約13万㎡が 「石上神宮社叢」 として、奈良県の天然記念物になりました。
自生する植物が多く、時代を追って林相が異なるため、歴史的にも生態的にも大変貴重な森といわれています。

布留山

標高266mの円錐形の山は、境内東側に位置しています。古代、石上新宮の神奈備（かんなび）であったといわれており、山の中には磐座が残っています。