御祭神

石上神宮の主祭神は、布都御魂大神（ふつのみたまのおおかみ）、布留御魂大神（ふるのみたまのおおかみ）、布都斯魂大神（ふつしみたまのおおかみ）の3柱です。これら3柱は総称して「石上大神（いそのかみのおおかみ）」と仰がれています。
布都御魂大神は、神剣「韴霊（ふつのみたま）」に宿る御霊威、布留御魂大神は、天璽十種瑞宝（あまつしるしとくさのみづのたから）に宿る御霊威、布都斯魂大神は、天十握剣（あめのとつかのつるぎ）に宿る御霊威です。
また、配祀神として宇摩志麻治命（うましまじのみこと）、五十瓊敷命（いにしきのみこと）、白河天皇（しらかわてんのう）、市川臣命（いちかわおみのみこと）がお祀りされています。
宇摩志麻治命は、饒速日命（にぎはやひのみこと）の御子であり、石上神宮の祭主を務めた物部氏（もののべし）の祖神として知られています。
五十瓊敷命は、第11代・垂仁天皇の皇子で、第12代・景行天皇の御兄にあたります。石上神宮の神庫（ほくら）の管理を統括していたと伝えられています。
第72代・白河天皇は、石上神宮の拝殿寄進や神門改築を行ったことで知られています。また、例祭の渡御は、1092年（寛治6）に白河上皇が行幸したことに始まると伝えられています。

ご利益

石上神宮のご利益として広く知られているのは、健康長寿・病気平癒・除災招福・百事成就です。
そのほかにも、厄除開運・家内安全・商売繁昌・学業成就・試験合格・交通安全・心願成就など、さまざまなご祈祷を受けることができます。
また、身体健康・病気平癒のご祈祷を受けた際には、お札とともに、氏名・年齢を墨書した「玉の緒守（たまのをまもり）」が授与されます。