珍しい比翼春日造（平野造）の本殿

表参道から拝殿、中門を進んだ先に本殿があります。
現在の本殿は、1596年（慶長元年）に後陽成天皇の勅命を受け、西洞院時慶（にしのとういん ときよし）によって再建が始められました。その後、第1殿・第2殿は1626年（寛永3年）、第3殿・第4殿は1632年（寛永9年）に再建され、現在の姿となりました。
向かって右側に建つのが第1殿・第2殿で、一番右奥の第1殿には今木皇大神（いまきのすめおおかみ）、その隣の第2殿には久度大神（くどのおおかみ）が祀られています。
向かって左側には第3殿・第4殿が並び、手前の第3殿には古開大神（ふるあきのおおかみ）、奥の第4殿には比賣大神（ひめのおおかみ）が祀られています。
本殿の建築様式は、一間社比翼春日造で、「平野造」とも呼ばれる全国でも珍しい形式です。一間社春日造の社殿四棟を左右二棟ずつ並べ、その間をつないで一体化した構造となっており、正面から見ると三間社のように見えます。また、上空から見ると棟がH字形に配置されているのも大きな特徴です。この建築様式は平野神社を代表する特色であり、「平野造」という名称の由来にもなっています。
屋根は入母屋造・檜皮葺で、本殿は東向きに建てられています。一般的な神社では南向きや西向きの本殿も多く見られますが、平野神社が東向きなのは、もともと平城京の宮中に祀られていた神社が、平安京遷都にあわせて現在地へ遷座した歴史を受け継いでいるためと伝えられています。
拝殿から本殿を眺めると、四殿が横一列に並ぶ平野造ならではの姿を確認することができます。この貴重な建築は高く評価され、1922年（大正11年）4月に国の重要文化財に指定されています。

御祭神・ご利益

平野神社には、今木皇大神（いまきのすめおおかみ）、久度大神（くどのおおかみ）、古開大神（ふるあきのおおかみ）、比賣大神（ひめのおおかみ）の四柱が祀られています。
主祭神の今木皇大神は、新しい運気や活力をもたらす神として信仰され、久度大神は竈の神として家内安全や生活安泰、古開大神は災厄を払い平穏を守る神、比賣大神は生命力や生産・繁栄を司る神とされています。そのため、運気隆昌、家内安全、厄除開運、子孫繁栄など幅広いご利益で知られています。
平野神社は、桓武天皇の生母・高野新笠（たかののにいがさ）の祖神を祀る神社が起源とされ、平安京遷都に伴って現在地へ遷座しました。宮中にゆかりの深い神社として朝廷の厚い崇敬を受け、その後は二十二社の一社にも列せられるなど、京都を代表する格式ある神社へと発展しました。
祭神の由来には諸説ありますが、主祭神・今木皇大神の「今木」は「今来（新来）」を意味し、高野新笠の祖先である百済系渡来人の祖神を祀ったものとする説が有力です。このことから、平野神社は古代の渡来文化と平安京の歴史を今に伝える神社としても知られています。