紫式部祭も行われる接木の拝殿

神門をくぐると、正面に拝殿があります。1650年（慶安3年）に徳川2代将軍・徳川秀忠の娘である東福門院の寄進により建立されました。
建築様式は桁行二間、梁行一間の入母屋造で、屋根は檜皮葺です。釘を使わず木材を組み上げる接木（つぎき）様式が採用され、「接木の拝殿」として知られています。また、折り上げ小組格天井（おりあげこぐみごうてんじょう）など、江戸時代前期の優れた建築技法を見ることができます。
しかし、2018年（平成30年）の台風第21号で6本の柱が折れ、拝殿は倒壊してしまいました。その後、多くの義援金が寄せられ、約8,000万円を集めて修復が進められ、現在の拝殿は2021年（令和3年）9月に再建されたものです。
倒壊前の拝殿内部には三十六歌仙の絵が掲げられていました。この作品は江戸時代中期の公卿・平松時量によって寄進され、書は江戸時代後期の公卿・近衛基前（このえ もとさき）、絵は江戸時代初期の絵師・海北友徳（かいほう ゆうとく）が手掛けた貴重なものでした。しかし、台風による倒壊で失われ、現在は見ることができません。
拝殿は舞殿としても利用されており、明月祭や奉燈祭では能や舞楽、日本舞踊などの奉納が行われます。秋に開催される紫式部祭では、境内に実をつける紫式部を眺めながら茶会も催され、平安文化を感じられる祭典として親しまれています。
接木の拝殿は、江戸時代前期の春日造建築を知る貴重な遺構として評価され、2014年（平成26年）には中門・南門・縣神社とともに京都府登録有形文化財に登録されています。