紫式部祭も行われる拝殿

神門を潜って正面に見えるのが拝殿です。1650年(慶安3年)に、徳川2代将軍徳川秀忠の娘東福門院により建立されました。
建築様式は桁行二間、梁行一間に、入母屋造で屋根は檜皮葺です。釘を使わない接木様式で「接木の拝殿」と呼ばれます。
残念ながら2018年（平成30年）に台風第21号で六本の柱が折れて拝殿が倒壊しました。現在の拝殿は義援金8000万円を集め、令和3年9月に修復完了したものです。
内部には三十六歌仙の絵が掛けられていて、この絵は江戸時代中期の公卿である平松時量氏により寄進されたものです。書は江戸時代後期の公卿である近衛基前（このえもとさき）、絵は江戸時代初期の人気絵師海北友徳（かいほうゆうとく）により制作されたもので、創建当時の物がそのまま残っていましたが、台風による倒壊で三十六歌仙の絵は現在ありません。
拝殿は接木様式や折り上げ小組格天井(こぐみごうてんじょう)などの繊細な建築様式です。
拝殿は舞殿としても使用され、明月祭や奉灯祭などで、能、舞楽、日本舞踊などが奉納されます。秋には紫式部祭も行われ、苑内に咲き誇る紫式部を眺めながら、お茶会を楽しむことができます。
拝殿は江戸時代前期の春日造建築を知る重要な遺産として、(平成26年)3月に中門・南門・縣神社と合わせて、京都府登録有形文化財の一つとなっています。