愛宕神社のご祭神をお祀りする本殿

愛宕神社の御本殿は、愛宕山の山頂に鎮座しています。参道石段を上りきった先には、幣殿、拝所、東西廻廊が設けられ、その奥に本殿が位置しています。本殿の左脇からは渡り廊下が奥へと延び、その先には若宮、さらに奥には奥宮が続きます。
現在の社殿配置は1929年（昭和4年）の大規模改修によるものです。
この時期、愛宕山鉄道（平坦線・鋼索線）の開通に伴い、参拝者の増加が見込まれていました。それに対応するため、本殿を北側へ移動させる曳家（ひきや）工事を実施し、南側に新たな幣殿、拝所、東西廻廊が増築されたと伝わります。
御本殿は、1836年の江戸時代後期に再建されたものです。桁行五間、梁行三間の身舎に向拝が設けられています。下屋部分を内部に取り込んだ独特な造りで、全体を檜皮葺き屋根で覆っています。御本殿の見どころのひとつに、欄間や軒下に施された精巧な彫刻類が挙げられるでしょう。菊や鳳凰、猪などの美しい木彫りの装飾を楽しむことができます。
また御本殿は、京都市が選定した「京都を彩る建物や庭園」にも認定されています。
若宮には、雷神、火の神である迦倶槌命（かぐつちのみこと）、土の神である破無神（はむのかみ）がお祀りされています。
また建物内では、愛宕太郎坊天狗を描いた大絵馬の復元品を見ることができます。もともとは1615年に伊達政宗の家臣「片倉小十郎重綱」が、大坂夏の陣で戦勝したお礼として奉納したものです。それから400年後の2015年に、京都愛宕研究会が復元し、愛宕神社へと奉納されました。
若宮からさらに奥には奥宮が鎮座しています。大国主命をはじめ厳島社3神、水分社1神、護王社1神、太郎子社1神、大国主社1神、司箭社3神、日吉社2神、春日社4神、蛭子社1神の神々がお祀りされています。また奥社の裏は、神域である愛宕山山頂です。