比叡山の地主神・大山咋神を祀る宮

東本宮は、「二宮」の名でも親しまれている宮です。御祭神の大山咋神（おおやまくいのかみ）は、比叡山の地主神として古くから祀られている神様で、「山末之大主神」「小比叡神」「二宮権現」などの別名でも知られています。日吉大社の中心をなす二つの本宮のひとつであり、西本宮と並んで古くから篤い信仰を集めてきました。
大山咋神は『古事記』にも登場する神で、近江国の日枝山に鎮まると記されています。日枝山は現在の比叡山を指すとされ、日吉大社の信仰が古くからこの山と深く結び付いていたことがわかります。日吉大社では崇神天皇7年に大山咋神をまつったことを創祀と伝えており、668年（天智天皇7年）に大和国から大己貴神が勧請される以前から、この地の神として崇敬されてきました。
東本宮の背後にそびえる八王子山には、大山咋神が降臨したと伝わる金大巌があり、山上の牛尾宮には大山咋神の荒魂がまつられています。山上の磐座を中心とする古い山岳信仰と、山麓に建てられた東本宮の社殿は、日吉大社の信仰の歴史を伝える重要な存在です。

拝殿

本殿の前に建つ拝殿は、桁行三間、梁間三間、一重、入母屋造、妻入り、檜皮葺の建物です。方三間の正方形で、四方が吹放しになっています。廻縁には高欄がつき、天井は小組格天井です。屋根の妻飾りには、木連格子が用いられています。
四方に壁を設けない吹放しの構造は、柱や梁、天井などの木組みを外から観察しやすいことも特徴です。小組格天井は、格子状に組んだ天井の内部をさらに細かく区切ったもので、簡素な外観のなかにも丁寧な造作が施されています。西本宮や宇佐宮などの拝殿とも共通する形式であり、日吉大社の社殿建築に見られる特徴のひとつです。
天井の格縁の一本には「文禄5年3月吉」の墨書が残されており、1596年（文禄5年）頃に建てられたものと考えられています。1964年（昭和39年）には、国の重要文化財に指定されました。現在の拝殿は、1571年（元亀2年）の比叡山焼き討ちで社殿が失われた後、桃山時代に進められた復興の歴史を伝えています。

本殿

本殿は、桁行五間、梁間三間、檜皮葺の建物です。西本宮本殿と同じく、全国でも日吉大社にしか見られない「日吉造」または「聖帝造」と呼ばれる様式で建てられています。三間二間の身舎の正面と両側面に廂がめぐらされ、背面にだけ廂がない造りです。西本宮本殿とほぼ同じ造りですが、背面の三間の床が一段高くなっているのが東本宮本殿の特徴となっています。
日吉造は、正面と左右の三方に廂を設け、背面には設けない独特の平面構成を持つ建築です。屋根は正面側と左右に複雑な形で広がり、一般的な流造や春日造とは異なる外観を見せています。また、本殿の床下には下殿と呼ばれる空間が設けられ、神仏習合の時代には仏教の儀礼にも用いられました。神社建築のなかに仏教信仰のための空間が組み込まれていたことは、延暦寺と深く結び付いていた日吉大社ならではの特徴です。
西本宮本殿と比較すると、東本宮本殿では背面の床の高さだけでなく、窓の位置や舟肘木の形などにも細かな違いが見られます。基本的な形式を共有しながらも、それぞれに異なる造作が施されており、日吉造の建築技術を比較できる貴重な社殿です。
1595年（文禄4年）、西本宮本殿に続いて再建され、1901年（明治34年）に重要文化財に指定された後、1961年（昭和36年）4月には国宝に指定されました。桃山時代に再建された社殿が現在まで残されており、日吉大社を代表する歴史的建造物のひとつとなっています。

御祭神・ご利益

大山咋神は、御神名の「クイ」に山の樹木や田畑の五穀を育てる意味があるとされており、五穀豊穣の神様として信仰されてきました。また、比叡山の地主神として家内安全や厄除けの御神徳でも知られ、古くから多くの人々の崇敬を集めています。
『古事記』では大山咋神の名について、山に杭を打つことに関係する説明が記されており、山を支配する神としての性格がうかがえます。大山咋神は京都の松尾大社にもまつられる神で、山の神としての信仰に加え、農耕や酒造などとも結び付いてきました。日吉大社では比叡山の地主神としての性格が特に強く、山王信仰の中心的な神として崇敬されています。

廃仏毀釈のはじまりの地

明治時代に全国へ広がった廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）は、日吉大社で起きた事件が初期の象徴的な出来事として知られています。延暦寺の守護神として祀られてきた日吉大社は、神仏習合・本地垂迹のもとで歩んできた歴史を持ち、仏教との結びつきがとりわけ深い神社でした。山王七社の本殿の床下には下殿（げでん）と呼ばれる祭祀の場が設けられ、かつてはここに仏像を安置し、仏事が営まれていたと伝わります。日吉大社を「ひえたいしゃ」と読むことがあるのも、延暦寺のある比叡山に由来するもので、ここにも神と仏がともに信仰されてきた名残を見ることができます。
日吉社では、長らく延暦寺の僧が上に立ち、神職はその下に置かれていました。その関係が、1868年（慶応4年）に神仏判然令（しんぶつはんぜんれい）が出されたことで大きく変化します。明治新政府は同年3月、神社と寺院を分離する政策を進め、3月28日には神社から仏像や仏具などを取り除くよう命じました。ただし、神仏分離の命令そのものが仏像や寺院の破壊を直接命じたわけではなく、各地で起こった廃仏毀釈は、この政策を背景として過激化した動きでした。
同年4月1日、日吉社の社司であった樹下茂国（じゅげしげくに）らは、延暦寺側に神殿の鍵を引き渡すよう要求しました。しかし、延暦寺側は天台座主から正式な通達を受けていないことを理由に拒否します。これに対して樹下茂国らは、神威隊と呼ばれる神官の集団や坂本の農民らを伴って社殿に押し入り、安置されていた仏像や仏具、経典などを破壊・焼却しました。
滋賀県立公文書館の解説によると、この事件では多数の仏教関係の宝物が失われ、その後、日吉大社の管理や山王祭の執行権も延暦寺から離れることになりました。長く続いてきた延暦寺と日吉社の関係が大きく変わる転機となった事件です。
日吉社での廃仏毀釈は、明治初期の神仏分離政策が引き起こした激しい対立を象徴する出来事として知られています。ただし、仏教排斥の動き自体は幕末から各地で起きていたため、全国で最初の廃仏毀釈と断定することはできません。
現在の境内に残る祇園石や大威徳石、おたすけ地蔵、しんぼう地蔵などは、神仏習合時代の面影を今に伝える貴重な存在となっています。こうした遺構を通じて、かつて日吉大社が神道と仏教の両方の信仰を受け入れていた歴史を知ることができます。