大山咋神の荒魂をまつる「牛尾宮」

御神体の磐座をはさんで、向かって右に建つのが日吉大社の奥宮のひとつ、牛尾宮です。まつられているのは大山咋神の荒魂で、ふもとの東本宮に鎮まる神の荒々しい御神威をあらわしています。
荒魂とは、神の霊魂が持つ活動的で力強い側面を指し、穏やかで平和的な働きを示す和魂と対になる考え方です。大山咋神は日吉大社の地主神であり、八王子山の神として古くから信仰されてきました。山上の牛尾宮とふもとの東本宮は、同じ神の異なる御神威をまつる関係にあります。
本殿は、檜皮葺の三間社流造の建物です。手前に建つ拝殿は、崖からせり出した懸造で、舞台造とも呼ばれます。一重の入母屋造で、間口は桁行五間、奥行は梁間五間あります。背後にある本殿正面の縁を取り込む形をとり、入母屋の妻側を正面に向けています。入り口は左側に開き、軒唐破風が添えられているのが特徴です。
懸造は、急斜面に長い柱を立て、床を支える建築技法です。牛尾宮では山の地形を利用して拝殿を崖の上に張り出させており、平地に建つ西本宮や東本宮とは大きく異なる姿を見せています。斜面から立ち上がる柱や梁の組み方にも、山上の限られた場所に社殿を建てるための工夫が見られます。
1595年（文禄4年）に造営された社殿で、桃山時代の意匠をとどめる建築として、本殿は1907年（明治40年）に国の重要文化財に指定されました。拝殿は1983年（昭和58年）に追加指定されています。
牛尾宮の拝殿には、ひときわ大きな入口が設けられています。これは、御神輿が出入りできるように造られたためです。外から見ると一棟に見える社殿ですが、内側に立ち入ると、本殿と拝殿が別の区画として配置されており、本殿には独立した屋根が架けられています。なかには獅子と狛犬の像が安置されていますが、雨風にさらされていないため、造営当初の金箔や彩色が400年を経た今もそのまま残っています。
牛尾宮の内部には、牛御子社（うしみこしゃ）という境内社も祀られており、七夕伝説の彦星にあたる神様が鎮座しています。御祭神は山末之大主神（やますえのおおぬしのかみ）で、牛の守護神としても信仰されています。日吉大社に伝わる『日吉社神道秘密記』には、牛御子社の神を牽牛にあてる記述があり、古くから七夕伝説と結び付けられていたことがわかります。また、牛尾宮の内部には百太夫社も祀られています。
牛尾宮は毎年4月に行われる山王祭でも重要な役割を担っています。3月には神輿が山上へ上げられ、4月12日の夜に行われる「午の神事」では、牛尾宮と三宮宮の神輿が急な山道を一気に担ぎ降ろされます。これは山王祭を代表する勇壮な神事で、普段は静かな奥宮が祭礼の舞台となります。

鴨玉依姫神の荒魂をまつる「三宮」

牛尾宮と並んで建つ三宮には、鴨玉依姫神の荒魂（あらみたま）がまつられています。ふもとの樹下神社に鎮まる神の荒魂にあたります。御神体の磐座をはさみ、向かって左に建っています。
鴨玉依姫神は大山咋神の妃神とされ、東本宮と樹下神社の関係が山上でも牛尾宮と三宮宮の組み合わせとして受け継がれています。2社の間には金大巌と呼ばれる巨大な磐座があり、古くから神が宿る場所として崇敬されてきました。山上に並ぶ2社は、日吉大社の信仰が八王子山の自然崇拝を起源としていることを伝えています。
本殿は、檜皮葺の三間社流造の建物です。手前に建つ拝殿は、崖からせり出した懸造で、舞台造とも呼ばれます。一重の入母屋造で、間口は桁行四間、奥行は梁間五間あります。背後にある本殿正面の廂を取り込む形をとり、入母屋の妻側を正面に向けています。入り口は右側に開き、軒唐破風が添えられているのが特徴です。
牛尾宮と三宮宮は、どちらも本殿と拝殿が接続する珍しい構造ですが、拝殿の正面幅や入口の位置には違いがあります。牛尾宮の入口が左側にあるのに対し、三宮宮は右側に設けられており、金大巌を中心に向かい合うような配置となっています。山の急斜面に建つ懸造の社殿が2棟並ぶ景観は、日吉大社の奥宮を象徴するものです。
現在の社殿は、1599年（慶長4年）の造営です。桃山時代の意匠を伝えており、本殿は1907年（明治40年）に国の重要文化財へ指定されました。拝殿は1983年（昭和58年）に追加指定されています。
三宮の内部には、寵御前社（うつくしみまえしゃ）と呼ばれる境内社も祀られています。牛尾宮の牛御子社が七夕伝説の彦星にあたる神様を祀っているのに対し、こちらには織姫にあたる神様が鎮まっています。御祭神は市杵島姫神（いちきしまひめのかみ）で、日吉大社では美容の御利益がある神としても紹介されています。
『日吉社神道秘密記』には、牛御子社の神を牽牛、寵御前社の神を織女とする記述があり、山上に祀られる神々と七夕伝説との結び付きを伝えています。大山咋神と鴨玉依姫神という夫婦神の荒魂をまつる2社に、彦星と織姫にあたる神々も祀られていることは、奥宮の特色のひとつです。
かつては、牛尾宮と三宮宮の縁に明かりをともして、琵琶湖を行き交う船の目印にしたとも伝えられています。山上から湖を見下ろす位置に建つ2社は、神をまつる聖地であるとともに、湖上を往来する人々にとっても目印となる存在だったのです。