大己貴神の妃神・田心姫神を祀る社

摂社「宇佐宮」は、田心姫神（たごりひめのかみ）をお祀りする宮で、西本宮にむかって右手に鎮座しています。西本宮の御祭神である大己貴神の妃神にあたり、宗像三女神の一柱としても知られています。古くから海上交通の守護神として信仰されてきた神様で、航海安全や交通安全の御神徳で知られています。「聖真子」の通称でも親しまれており、御神徳は交通安全、航行安全、恋愛成就です。
御鎮座は675年（天武天皇3年）、大分県の宇佐八幡宮から田心姫神を勧請したことに始まると伝えられています。日吉大社のなかでも特に格式の高い「山王上七社」の一社に数えられています。山王上七社は、日吉大社の中心的な神々を祀る七つの社の総称です。古くから山王信仰の中核を担い、山王祭でも重要な役割を果たしてきました。
本殿は桁行五間、梁間三間、檜皮葺の建物です。西本宮本殿や東本宮本殿と同じく、「日吉造」または「聖帝造」と呼ばれる様式で建てられました。三間二間の身舎の正面と両側面に一間の廂がめぐらされ、背面にだけ廂がない造りです。正面の階段前には、吹寄格子（ふきよせこうし）を入れた障壁が設けられており、ほかの日吉造には見られない特徴となっています。また、高く造られた床下には、大きな岩が露出しています。1598年（慶長3年）に建てられ、1901年（明治34年）8月に国の重要文化財に指定されました。
本殿の前に建つ拝殿は、桁行三間、梁間三間、入母屋造、妻入り、檜皮葺の建物です。方三間の正方形で、四方が吹放しになっています。これは方三間の拝殿形式の典型といえる造りです。回り縁には高欄がつき、天井は小組格天井、屋根の妻飾りには、木連格子が用いられています。本殿と同じく1598年（慶長3年）に建てられ、1964年（昭和39年）5月に国の重要文化財に指定されました。

大宮竈殿社・気比社・宇佐若宮

宇佐宮の周辺には境内社も鎮座しています。本殿に向かって左手には、下七社の末社である大宮竈殿社があります。大己貴神の食事や調理を司る神をお祀りする社で、近くには包丁塚もあります。
また、本殿に向かって右手には、同じく下七社の末社である気比社と、中七社の末社である宇佐若宮が鎮座しています。気比社には伊奢沙別命（いざさわけのみこと）、宇佐若宮には下照姫神（したてるひめのかみ）が祀られています。
宇佐宮周辺は日吉大社の境内社が集まるエリアであり、あわせて参拝することで山王信仰の広がりを感じることができます。