「総社六所宮」という扁額がある拝殿

大國魂神社の拝殿は、中雀門をくぐると正面にあります。
現在の社殿は明治18年に官幣小社に昇格した際に改築され、その後も昭和53年に改修されました。
建築様式は流造・切妻千鳥破風・銅板葺素木造です。かつて将軍徳川家康が慶長年間に社殿を造営した際には拝殿と本殿の間に幣殿が建立されていましたが、大火により焼失し、再建された際に拝殿と幣殿が一体となりました。
拝殿正面には江戸時代中期の書家勝間龍水による「総社六所宮」という扁額(へんがく)いわゆる看板が掲げられています。

東京都有形文化財の本殿

大國魂神社の本殿は、1606年(慶長11年)に竣工し、朱塗りの3つの殿が横に並ぶ社殿でしたが、1646年(正保3年)の大火で類焼したため、1667年(寛文7年)に後の四代将軍徳川家綱の命により、現在の本殿が完成しました。
建築様式は室町時代末期の神社建築であり、三殿一棟の特異な構造形式が珍しいものとして、昭和37年に東京都有形文化財に指定されています。
本殿は九間社流造で、向拝五間、銅板葺きで、外部は朱塗りが施されています。流造の社殿三棟が横に連絡された相殿造となっており、建立当時のままの形を残しています。
また、通常神社の本殿は南か東向きが一般的ですが、北向きなのが特徴です。これは、もともとは南向きだった社殿を、1051年(永承6年)に境内に銅像もある源頼義により北向きに改められました。これは、朝廷の権威が届かず地方豪族や武士団が独自の勢力を持っていた東北地方を、北向きの社殿によって神威で納めていくという意思の表れだったと言われています。
御祭神・ご利益
大國魂大神 （おおくにたまのおおかみ）を中心に御霊大神、国内諸神を祀り、武蔵国の総社として創建当時の武蔵国一之宮から六之宮まで祀っています。内訳は一之宮：小野大神（天ノ下春命/小野神社）、二之宮：小河大神（国常立尊/二宮神社）、三之宮：氷川大神（須佐之男命・稲田姫命・大己貴命/氷川神社）、四之宮：秩父大神（八意思金命・知知夫彦命・天之御中主神/秩父神社）、五之宮：金佐奈大神（天照大神・素戔鳴尊・大和武尊/金鑚神社）、六之宮：杉山大神（五十猛命・大日孁貴命・素戔鳴尊/杉山神社）です。
大國魂大神 は大国主命のことと言われ、「厄除」や「縁結び」のご利益が有名です。