藤谷淵神社

宝登山神社の藤谷淵神社（ふじやぶちじんじゃ）は、本殿の背後に広がる境内奥の一角に鎮座する境内社です。拝殿前から本殿の裏手へ回り込み、天満天神社や日本武尊社が並ぶ小社の区域へ進むと、藤谷淵神社があります。
藤谷淵神社は、現在の長瀞町長瀞にあたる旧・藤谷淵村に点在していた複数の神社を、明治時代に宝登山神社境内へ合祀して祀った神社です。もともと地域の各所で祀られていた氏神や守護神の神霊を一つの社に集めたもので、長瀞地域に伝わる古い信仰を今に伝える境内社として知られています。
この社には、伊勢大神、八坂大神、諏訪大神、熊野大神、榛名大神、琴平大神など、地域で信仰されてきた多くの神々が祀られています。さらに、田畑の厄除けの神とされる野栗大神も祀られており、農業や生活を守る神々がまとめて祀られている点も特徴です。
このように藤谷淵神社は、明治時代の神社制度の変化の中で地域の小社を一か所に集めて成立した合祀社であり、地域の守護神を象徴する社として長瀞の人々に信仰されています。

水神社・御神水

宝登山神社の水神社（すいじんじゃ）は、本殿に向かって左側に鎮座する境内社です。宝登山から湧き出る水の神を祀る社で、水神社に由来する御神水が流れ出ています。
水神社には水を司る神が祀られており、古くから水の守護神として信仰されてきました。山麓に広がる長瀞の地域では、農業や生活に欠かせない水を守る神として崇敬され、豊かな水の恵みや農業の安定を願う信仰が続いています。宝登山神社が山の神を祀る山岳信仰の中心であるのに対し、水神社は水の恵みを象徴する神を祀る社として、自然の恵みへの感謝と祈りを伝える役割を担っています。
宝登山神社の御神水は、この水神社から常に流れ出ている清い水で、参拝者は御神水として受けることができます。ただし境内には飲用を控えるよう注意書きも掲げられています。
また宝登山神社では、1月1日の歳旦祭において宝登の神山から湧き出る「神水」を若水として神前に供える神事が行われます。御神水は境内の見どころであるだけでなく、元旦の祭礼で神前に供えられる神聖な水でもあり、宝登山神社の一年の祈りの始まりを支える重要な存在となっています。

招魂社

宝登山神社の招魂社（しょうこんしゃ）は、境内に鎮座する境内社の一つで、国家や地域のために尽くして亡くなった人々の御霊を祀る社です。本殿に向かって左手、水神社と藤谷淵神社の間に鎮座しています。
「招魂社」という名称は、文字どおり魂を招いて祀る社を意味し、明治時代以降、戦争などで命を落とした人々の御霊を慰めるため各地の神社に設けられました。後に多くの招魂社は護国神社へと改称されましたが、地域によっては現在も「招魂社」の名で祀られている社が残っています。
宝登山神社の招魂社には、明治から昭和にかけて戦役に応召した長瀞町出身者の御霊が祀られています。毎年春の彼岸には慰霊祭が行われ、地域の人々によって慰霊と平和への祈りが捧げられています。
宝登山神社の境内には多くの境内社が祀られていますが、招魂社は地域の歴史と人々の祈りを今に伝える社の一つです。本殿や拝殿の華やかな社殿だけでなく、境内に点在する小社を巡ることで、宝登山神社の信仰の広がりや地域の歴史をより深く感じることができます。