宗像三女神を祀る宮

社殿の横の道をぬけた先には第二宮（ていにぐう）と第三宮（ていさんぐう）が並んで鎮座しています。この社殿は日本最古の神社建築様式である唯一神明造を伝えるものです。第二宮には沖津宮の田心姫神、第三宮には中津宮の湍津姫神が祀られています。
かつて辺津宮境内には、第一宮、第二宮、第三宮という三つの主要なお宮があり、現在の辺津宮の本殿・拝殿はもともと第一宮の社殿でした。
第二宮には玄界灘洋上の沖ノ島に鎮座する田心姫神の御分霊が、第三宮には大島に鎮座する湍津姫神の御分霊が祀られています。古くから総社である辺津宮を「第一宮」と称し、これら三宮すべてを参拝することで宗像三女神をお参りしたことになります。
現在の社殿は、御祭神の御親神を祀る伊勢神宮より下賜されたものです。1973年（昭和48年）の第60回伊勢神宮式年遷宮の際に、別宮の伊佐奈岐宮（いざなぎのみや）と伊佐奈弥宮（いざなみのみや）の古殿を御下付いただきました。これらの古殿は1975年（昭和50年）5月に現在の地へと移築されました。また、2017年（平成29年）には、第62回式年遷宮の際に下賜された御用材にて社殿の修復が行われています。