拝殿

鳥居をくぐると正面に拝殿が現れます。拝殿は入母屋造の屋根を持ち、中央には唐破風の向拝が付く構成となっています。正面には柱が4本並び、三つの開口を持つ三間の拝殿で、コンパクトな境内に収まりながらも安定感のある構えを見せています。
中央の唐破風向拝が強い印象を与え、参拝空間の中心性を際立たせています。一方で奥行きは抑えられており、拝殿に立つと視線がそのまま本殿へと抜け、意識が自然に奥へ導かれる配置となっています。

本殿

拝殿に向かって左側には通路があり、外周は塀に囲われていますが、本殿を間近に見ることができます。本殿は屋根が前方へ大きく伸びる流造の形式をとり、神社建築として広く見られる基本的な様式の一つです。規模は一間社相当とみられ、コンパクトながらも引き締まった構えを見せています。
本殿は神体を祀る中心であり、神社の中でも最も神様に近い場所です。そのため、拝殿で参拝した後に本殿近くへ回ってあらためて手を合わせる参拝のかたちは、神社好きの間ではよく見られます。サムハラ神社でもそのように本殿前で再度参拝する人が多く、他の神社と比べてもその傾向が強く感じられました。

御祭神・ご利益

御祭神は天之御中主大神（あめのみなかぬしのおおかみ/サムハラ神霊）・高皇霊産大神（たかみむすびのおおかみ）・神皇霊産大神（かみむすびのおおかみ）の三柱です。「サムハラ」は三柱の総称になります。また、「サムハラ」という字は漢字ではなく「神字」で、この文字に三神の力が宿るといわれています。
さまざまなご利益をいただけますが、そのなかでも厄事災難除、無傷安全、無病息災、延命長寿のご利益がよく知られています。
熊本藩初代藩主・加藤清正公は「サムハラ」の文字を刀に刻んで出陣。文禄・慶長の役で命拾いをしたといわれています。
また、「サムハラ」の文字を持っていたところ事故に遭っても無傷だった、戦争中「サムハラ」のお守を持っていた多くの兵士が帰還したなど、多くの逸話が残っています。
そのほか家内安全・方除・願成就・家運隆盛・良縁・安産・病気平癒・交通安全など、さまざまなご祈祷が可能です。