石清水八幡宮には、本殿の周囲に数多くの摂社・末社が鎮座しています。それぞれ異なる御祭神が祀られ、古くから八幡大神を支える神々として篤く信仰されてきました。本殿や頓宮、高良神社、石清水社などの主要な社殿以外にも、由緒ある摂社・末社が点在しており、境内を巡りながら参拝することで、石清水八幡宮の歴史や信仰をより深く感じることができます。

武内社

摂社である武内社（たけうちしゃ）は、本殿内に鎮座しているため通常は拝観できません。本殿とともに国宝に指定されています。御祭神は武内宿禰命（たけうちのすくねのみこと）です。

廣田社・生田社・長田社

末社である廣田社・生田社・長田社（ひろたしゃ・いくたしゃ・ながたしゃ）は、本殿の北西、西総門と校倉の間に鎮座しています。三社が一つの社殿に相殿で祀られています。
廣田社の御祭神は天照大御神（あまてらすおおみかみ）、生田社の御祭神は稚日女命（わかひるめのみこと）、長田社の御祭神は事代主命（ことしろぬしのみこと）です。1055年（天喜3年）に鎮座したと伝えられています。
三社はいずれも兵庫県に本社を持ち、廣田神社は西宮市、生田神社と長田神社は神戸市に鎮座しています。神功皇后が三韓征伐から凱旋した際、それぞれの神を祀るよう神託を受けたことに由来すると伝えられています。

住吉社

摂社である住吉社（すみよししゃ）は、本殿北側の校倉の隣に鎮座しています。御祭神は住吉三神である底筒男命（そこつつのおのみこと）、中筒男命（なかつつのおのみこと）、表筒男命（うわつつのおのみこと）です。
住吉三神は航海安全の神として知られ、神功皇后が三韓征伐の際、航海の安全を祈願したと伝えられています。社殿は一間社流造・檜皮葺で、869年（貞観11年）に鎮座し、現在の社殿は江戸時代前期に再建されたものです。国の重要文化財に指定されています。

一童社

末社である一童社（いちどうしゃ）は、本殿北側、住吉社の隣に鎮座しています。御祭神は磯良神（いそらのかみ）です。
神功皇后が三韓征伐の際に諸神を招いたところ、海底に住む磯良神は容貌を恥じて姿を現しませんでした。しかし、住吉神が海中に舞台を設けて舞楽を奏すると姿を現し、龍宮から潮盈珠・潮乾珠を授かり、神功皇后へ献上したことで遠征が成功したと伝えられています。社殿は一間社流見世棚造です。

貴船社・龍田社

末社である貴船社・龍田社（きふねしゃ・たつたしゃ）は、本殿北側、北総門の隣に鎮座しています。二社が一つの社殿に相殿で祀られています。
向かって右の貴船社の御祭神は高龗神（たかおかみのかみ）、左の龍田社の御祭神は級津彦命（しなつひこのみこと）・級津媛命（しなつひめのみこと）です。社殿は二間社流見世棚造で、1191年（建久2年）に鎮座したと伝えられています。『男山考古録』には、第29代八幡宮別当・慶清が私願によって両社を勧請したと記されています。

水若社

摂社である水若社（みずわかしゃ）は、本殿北東、信長塀沿いに鎮座しています。近くには若宮殿社があり、隣には気比社があります。御祭神は菟道稚郎子（うじのわきいらつこ）です。
応神天皇の皇子で、皇太子となりましたが、異母兄である大鷦鷯尊（後の仁徳天皇）へ皇位を譲るため、自ら命を絶ったと『日本書紀』に伝えられています。社殿は一間社流造・檜皮葺で、869年（貞観11年）に鎮座し、現在の社殿は江戸時代前期に再建されたものです。国の重要文化財に指定されています。

気比社

摂社である気比社（けひしゃ）は、本殿北東、信長塀沿いに鎮座しています。近くには若宮殿社があり、隣には水若社があります。御祭神は気比大神（けひおおかみ）で、福井県敦賀市の氣比神宮の主祭神です。
『気比宮社記』によると、神功皇后が三韓征伐へ出陣する際に気比大神へ祈願し、海神から潮盈珠・潮乾珠を授かって遠征を成功へ導いたと伝えられています。社殿は一間社流見世棚造・檜皮葺で、1505年（永正2年）に鎮座したとされ、現在の社殿は江戸時代前期に再建されました。

水分社

末社である水分社（みくまりしゃ）は、本殿東側、東総門を越えた階段途中に鎮座しています。御祭神は国之水分神（くにのみくまりのかみ）です。社殿は一間社流見世棚造・檜皮葺で、1208年（承元2年）に鎮座したと伝えられています。

三女神社

末社である三女神社（さんにょじんじゃ）は、ケーブル八幡宮山上駅から本殿へ向かう途中に鎮座しています。御祭神は宗像三女神である多紀理毘売命（たぎりびめのみこと）、市寸島姫命（いちきしまひめのみこと）、多岐津比売命（たぎつひめのみこと）です。
社殿は一間社流見世棚造・檜皮葺で、1339年（暦応2年・延元4年）に鎮座したと伝えられています。宗像三女神は海上守護や交通安全の神として広く信仰され、石清水八幡宮でも古くから篤く崇敬されています。