宇治神社から徒歩約2分の場所に鎮座する宇治上神社は、1994年（平成6年）に「古都京都の文化財」の構成資産としてユネスコ世界文化遺産に登録された神社です。本殿は平安時代後期に建てられた現存最古の神社本殿建築とされ、国宝にも指定されています。宇治を代表する二つの古社は距離も近く、あわせて参拝する人が多く見られます。
現在は別々の神社となっていますが、明治時代までは二社一体の神社として信仰されていました。927年（延長5年）に完成した『延喜式神名帳』には、「山城国宇治郡 宇治神社二座」と記され、この二座が現在の宇治神社と宇治上神社にあたると考えられています。千年以上前から両社は一つの信仰の中心として存在していたことが分かります。
当時、宇治上神社は「上社」あるいは「本宮」、宇治神社は「下社」または「若宮」と呼ばれていました。また、両社を合わせて「宇治離宮明神」や「宇治離宮八幡宮」と総称し、祭祀や神事も一体となって執り行われていました。現在のように二つの神社へ分かれた経緯は明らかではありませんが、長い歴史の中でそれぞれの役割を受け継ぎながら今日まで信仰が続いています。
祭神にも深いつながりがあります。宇治神社には菟道稚郎子命がまつられ、宇治上神社には菟道稚郎子命に加え、その父である応神天皇、兄である仁徳天皇の三柱がまつられています。親子三柱をそれぞれの社でまつることから、古くから両社を続けて参拝する習わしが受け継がれてきました。
現在でも宇治神社と宇治上神社は徒歩数分の距離にあり、参道を歩けばすぐに行き来できます。宇治神社で菟道稚郎子命へ参拝した後、宇治上神社で応神天皇と仁徳天皇にも手を合わせれば、かつて「宇治神社二座」として一体の信仰を集めた歴史をより深く感じられるでしょう。世界遺産と重要な古社を一度の参拝で巡ることができるのも、宇治ならではの魅力です。