珍しい両流造の本殿

楼門、拝殿と一直線上に本殿があります。
創建は1397年(応永4年)、室町時代の初期となります。その後1542年(天文11年)に大修理が行われ、現在の姿となっています。2016年には檜皮葺の屋根が新調されたため、480年以上前の建造物には見えない美しい保存状態と言えます。
本殿前に釣殿がありそこから南北に回廊が延びています。回廊には中門、北清門、南清門と３つの門が付いています。
正面には向拝があり、向拝の下に本坪鈴や賽銭箱が用意されていますので、通常はこちらから参拝します。
本殿の建築様式は桁行三間、梁間四間で、屋根が一重、松尾造又は両流造、檜皮葺となっています。
屋根が松尾造又は両流造(りょうながれづくり)という珍しい形式で、母屋の前後に庇を延ばした流れるような作りになっているものです。松尾大社以外では、どちらも世界遺産である広島の厳島神社の本殿や福岡の宗像神社の本殿が同じ造りと言われています。
また建築様式だけでなく、彫刻意匠の素晴らしさも特徴です。向拝の斗組や蟇股（かえるまた）、欄間（らんま）、手挟（たばさみ）など各所に見事な彫刻や意匠が施されています。
本殿は1907年(明治40年)に、室町時代の建築や彫刻意匠を残す貴重な建造物として国の重要文化財として指定されています。

御祭神・ご利益

松尾大社の御祭神は大山咋神（おおやまぐいのかみ）と中津島姫命（なかつしまひめのみこと）です。中津島姫命は宗像三女神で知られている市杵島姫命（いちきしまひめのみこと）の別名とされています。まだ社殿が無かった昔から、松尾山の山頂にある磐座（いわくら）が信仰の対象となり、いつしか山の神として大山咋神を祀りました。後にこの地に移り住んだ渡来系氏族・秦（はた）氏が、氏神として社殿を建て崇敬しました。
松尾大社は開拓の神として建築・農業・商業などの守護神として「各職業守護」や「事業発展」のご利益が有名です。また秦氏は酒造技術に優れていたため、氏神として祀る松尾大社はいつしか酒の神や醸造の祖神として有名で、特に全国の酒造家・味噌・醤油・酢の製造及び販売業の方々には特に崇敬されています。