歴史ある摂社

三井神社は下鴨神社の摂社になります。河合神社の近くにある三井社（三塚社）とは別の神社です。
この三井神社は「山城国風土記」に蓼倉里三身社（たでくらのさとみみのやしろ）と記載され、三井神社のことを指していると言われます。蓼倉里は昔下鴨神社一帯を蓼倉郷と呼ばれていたことに起因しています。
また延喜式の名神大社大社である山城国「三井神社」は三井神社のことと言われ、摂社ながら、本殿の下鴨神社より歴史がある神社です。

祭神と本殿

神社名が三身社と言う通り、3柱の神を祀っており、中社に賀茂建角身命、東社に伊賀古夜媛命（賀茂建角身命の妻）、西社に玉依媛命（賀茂建角身命と伊賀古夜媛命の子）です。下鴨神社の本殿の祭神構成と似ています。
本殿は一間社流造の檜皮葺です。拝殿は桁行二間・梁間一間で入母屋造の檜皮葺です。
１６２９年（寛永６年）の式年遷宮のとき造替された社殿は国の重要文化財です。

末社

三井神社境内に末社が3社あります。
左から白鬚社（しろひげのやしろ）で祭神は大伊乃伎命（おほいのきのみこと猿田彦神）、小杜社（こもりのやしろ）で祭神は水分神（みくまりのかみ）、諏訪社（すわのやしろ）で祭神は建御方神（たけみなかたのかみ）です。この三社も国の重要文化財に指定されています。