日本三大龍穴の一つ

貴船神社の龍穴は、奥宮・本殿の真下に位置し、奈良県の室生龍穴、岡山県の備前龍穴と共に、日本三大龍穴の一つとして知られるパワースポットです。
風水や気学世界では、「大地のエネルギー（気）が噴出する場所」 」とされています。
龍穴は非常に神聖視されており、その存在を直接人の目で見ることは禁じられています。地下に位置する限り、盛土で目隠しされ、社殿の建て替えの際にも龍穴このような厳重な措置は、その神秘性とパワーの強さを保護し、大切に守られていることを示しています。
2011年に奥宮本殿を権地に引き戻す附曳神事（ふびきしんじ）が行われましたが、この時でも神職は龍穴を除くことはできません。
前回の附曳神事（150年前の江戸時代）の時に大工が誤ってノミを龍穴に落としてしまった時に竜巻のような突風が吹き、ノミが空中に吹き上げられ屋根に戻されました。ノミを落とした大工はその後命を落としたという伝説もあります。
貴船神社の龍穴は、参拝者に特別なエネルギーを与え、願い事や願望の成就、厄除け、身を清めるなどのご利益があると信じられています。