御后三柱

北野天満宮の末社で本殿の裏側にあるのが御后三柱（ごこうのみはしら）。祭神は、天穂日命（あめのほひのみこと）、菅原清公卿（すがわらのきよきみきょう）、菅原是善卿（すがわらのこれよしきょう）。学徳成就のご利益あります。
通常神社は正面を参拝するのもので、本殿の裏に祀られているのは珍しく、この神社を裏の社とも呼び、ここも北野七不思議の一つといわれています。1869年（明治2年）11月まではここに舎利塔が祀られていたが、神仏分離によって舎利塔は常照皇寺に移されています。

竈社

ご本殿の北東、東門をくぐった右手方向に北野天満宮の末社である竈社（かまどしゃ）があります。
祭神は庭津彦神（にわつひこのかみ）、庭津姫神（にわつひめのかみ）、火産霊神（ほむずびのかみ）。ご神徳は台所の守り神です。
竈神は竈三神が祀られることがおおく、火産霊神（ほむずびのかみ）以外は奥津日子神（おきつひこのかみ）、奥津比売神（おきつひめのかみ）が多く、庭津彦神（にわつひこのかみ）、庭津姫神（にわつひめのかみ）のパターンは珍しいです。
またこちらの社の一番奥にある鳥居は明智光秀が寄進したもので、明智の鳥居と呼ばれます。例祭は6月17日です。