拝殿

護王神社の拝殿は、参道の正面、境内の中心に位置する建物です。烏丸通側の表門から参道を進むと、霊猪手水舎や御千度車を経て正面に現れ、参拝者の目に自然と入る位置に据えられています。拝殿の周囲には、狛犬ではなく狛猪が配され、護王神社ならではの景観が形づくられています。
この拝殿は、一般的な神社に見られる「個人参拝を主とする拝殿」とは性格が異なり、神事や祭典を行う舞殿に近い役割を担う建物として理解するのが適切です。参道正面に据えられ、前方に広い空間が確保されているため、参拝者は拝殿前から神事の様子を見守ることができます。
毎月21日に斎行される足腰祭をはじめ、護王神社の主要な祭事や祈願は、この拝殿を中心に執り行われます。多くの参列者を前に、神職による祝詞奏上や儀式が行われることを前提とした構成になっています。
拝殿前にはゆとりのある空間が設けられ、参拝者は一定の距離を保ちながら神事に向き合う形になります。建物は過度な装飾を施さない落ち着いた佇まいですが、拝殿には四方を守護する青龍・白虎・朱雀・玄武の額が掲げられており、年末にはその年の干支を描いた大絵馬が設けられるなど、神社の信仰や季節感を伝える象徴的な要素が加えられています。京都御所の西に鎮座する神社にふさわしい、簡素さと意味性を兼ね備えた空間です。
なお、護王神社ではこの舞殿的な拝殿とは別に、拝礼の場としては中門が拝殿の役割を兼ねる構成になっています。参道正面に拝殿があり、その奥に中門、本殿が建ち、中門の左手には祈願殿が配置されています。

中門・本殿

拝殿の奥には中門および本殿が配置されています。護王神社では、中門が拝殿の役割も兼ねており、参拝者は通常、この中門の前に立って本殿へ向かい拝礼します。中門には菊紋が掲げられており、護王神社が朝廷と深い結びつきをもつ神社であることをうかがわせます。
京都護王神社の本殿は、その中門の奥、やや距離を取った位置に鎮座しています。このため、参拝位置からは本殿全体を正面から見ることはできませんが、斜め方向から屋根の一部を望むことができます。奥まった配置により、本殿は神域としての静けさと厳かさを保っています。社殿は流造で、1886年（明治19年）、明治天皇の勅命により京都御所の蛤御門前の現在地に造営され、京都市右京区梅ヶ畑高雄町の神護寺境内から遷座されました。現在の本殿は、この遷座当時に造営された社殿が現存するものです。

祈願殿

護王神社の境内には、拝殿・中門・本殿とは別に「祈願殿」と呼ばれる建物が設けられています。祈願殿は中門の左手に位置し、境内の社殿配置の一部を構成しています。護王神社は足腰守護の神社として知られ、参拝者は拝礼のほか、さまざまな願いごとを神前に祈るために訪れます。祈願殿は、そのような祈願に関わる建物として境内に設けられており、参拝者が立ち入ることのできる社殿の一つです。祈願殿では、本殿を遥拝しながら祈祷が行われます。内部には、御祭神にゆかりのある和気清麻呂公と広虫の像が安置されているとされています。