小國神社の境内には、本殿周辺や宮川のほとりなどに、それぞれ異なる由緒を持つ末社が鎮座しています。

社家神人の御霊を祀る鉾執社

鉾執社（ほことりしゃ）は、事待池の手前、参道の左手に鎮座しています。
小國神社に奉仕してきた先祖代々の社家神人の御霊を神として仰ぎ、その奉仕に感謝するとともに、子孫の繁栄を祈り、中執持（なかとりもち）の功績を称えて創建された社です。
小國神社では、平安時代中期の永保2年（1082）に清原則房が神主に補任された記録が残り、江戸時代には神主のもとで32人の社家や舞楽神人などが奉仕していました。鉾執社は、こうした小國神社に代々奉仕してきた人々の歴史とも関わる末社です。
例祭は毎年、春の彼岸入りの日に執り行われます。

小さな滝のそばに鎮座する瀧宮社

瀧宮社（たきのみやしゃ）は、本殿に向かって右手、宮川を渡った場所に鎮座しています。
御祭神は須佐之男命（すさのおのみこと）です。
延宝年間の社記に残る境内図にも記されている古い末社の一つで、社殿のすぐ近くには小さな滝があります。
宮川を渡った先にひっそりと鎮座する社と、その傍らを流れる小滝を一緒に見ることができるのが瀧宮社の見どころです。
例祭は12月18日に執り行われます。

かつて大杉の根元に祀られていた白山社

白山社（はくさんしゃ）は、本殿の裏側に鎮座する末社です。
御祭神は菊理比売命（くくりひめのみこと）。瀧宮社と同じく、延宝年間の社記に残る境内図にも記されている古い社です。
現在とは鎮座地が異なり、もとは小國神社の御神木であった大杉の根元に祀られていたと伝えられています。
大杉は樹齢1000年余りと伝えられ、昭和47年（1972）の台風によって倒れた後も巨大な根株が残されています。白山社の由緒を知ると、大杉が単なる御神木ではなく、その根元に神を祀る場所でもあったことが分かります。
例祭は2月15日に執り行われます。

安産・子育て・火防の神を祀る愛宕神社

愛宕神社（あたごじんじゃ）は、第一の鳥居から北東へ進み、宮川を渡った先に鎮座する末社です。
御祭神は彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）で、古くから安産・子育て・火防の神として祀られてきました。
愛宕神社という社名から一般的な愛宕信仰を連想しますが、小國神社の愛宕神社では彦火々出見命を御祭神としているのが特徴です。
例祭は7月31日に執り行われます。