南の御方をお祀りする南方社

有料の拝観コースから参拝できるのは、摂社である南方社です。南方社にお祀りされているのは、護良親王が幽閉されていた際、身の回りのお世話をした持明院南御方（じみょういんみなみのおんかた）です。南御方は護良親王の家臣・藤原保藤の娘であり、中興開山といわれる日叡上人の母。護良親王が亡くなったあと、最期の様子を後醍醐天皇に伝えた人物と言われています。毎年3月3日のひな祭りには「南方祭」が執り行われ、神職による舞が奉納されています。
社殿は本殿の横にあり、近くに行くことはできません。遙拝所から参拝する形になります。有料の拝観コースから屋根の一部を見ることができます。
遙拝所の横にはひな桜と呼ばれる小彼岸桜（こひがんさくら）があります。小彼岸桜は早咲きの桜で3月中旬（彼岸ごろに）～から咲き始めます。