湖のこころ木・けけら木（御神木）

「けけら木」というのは、芦ノ湖の湖底木のひとつです。巨大地震で陸から芦ノ湖に滑り落ちた樹木の化石ですが、「伊豆・駿河・相模」の界域を示す木だったことから、箱根神社の縁起には、「目代木」の名が記されています。
「目代」というのは、国守代理として任国に赴いた役人の名称です。「けけら木」は、「湖水の心なる木」から「こころ木」ともいわれており、鎌倉幕府三代将軍・源実朝は、「二所詣」の際、「たまくしげ　箱根のみうみ　けけれあれや　ふた国かけて　なかにたゆたふ」と和歌を詠みました。
弁財天社近くに安置されているこのけけら木は、湖水祭・例大祭の翌日、台風の影響で芦ノ湖から浮遊してきたものです。芦ノ湖の守護神「九頭龍神」誕生の逸話にある、万巻上人が毒龍を調伏した木、「栴檀伽羅木」であろうと、境内に遷されました。九頭龍神の由縁により縁結び信仰が生まれ、御神木として大切にされています。

県の天然記念物・姫沙羅純林

御社殿の裏山には、姫沙羅の純林があります。姫沙羅はツバキ科・ナナツバキ属の木で、高さ約25m、幹の太さは直径30cm前後。すべすべした赤茶の幹をしており、初夏には小さな白い花を咲かせます。125本の姫沙羅林は、本州最北の群生林として、神奈川県の天然記念物に指定されています。また箱根山原生林の代表的な樹木であることから、町制施行10周年を記念し、1973（昭和48）年、箱根町の木に制定されました。