万巻上人が奉遷した第六天神社

箱根神社の末社である第六天神社は淤毋陀琉神（おもだるのかみ）がお祀りされている社で、第三鳥居をくぐり、少し進んだ右手に位置しています。生殖力の旺盛な神様で、御利益は殖産興業・商売繁昌です。奈良時代の末、万巻上人がこの地に奉遷しました。箱根山にで修行する修験者（山伏）から九頭龍大神や弁財天と共に崇め奉り厚い信仰を受けましたが、現在はひっそりと鎮座しています。

神社通りの末社日吉神社

箱根神社の末社である日吉神社は、第二鳥居と第三鳥居のある神社通りに位置しています。御祭神は箱根神社鎮護の神・地主神、大山咋神（おおやまくいのかみ）。明治時代以前には「山王社」「山王権現」と呼ばれていましたが、神仏分離により「日吉神社」と改称されました。箱根神社鎮護の神・地主神として尊崇されています。例祭日は4月14日です。