九神社

南側の一の鳥居をくぐり参道を進むと左手に鎮座しているのが末社である九神社（くじんしゃ）です。九神社には天祖神社・春日神社・鹿島神社・八幡神社・諏訪神社・秋葉神社・厳島神社・金刀比羅神社・塞神社（さいじんじゃ）の9つの神社が合祀されています。かつてはそれぞれ境内各所に鎮座しており、遥拝所となっていました。
第二次世界大戦前は、仲ノ町小学校（現・赤坂小学校）に鎮座していましたが、戦後、赤坂氷川神社に遷されました。南参道の左手に位置しています。

桶新稲荷

御社殿の左手に鎮座しているのが末社である桶新稲荷（おけしんいなり）です。主祭神は稲の神様、宇迦之御魂（うかのみたまのかみ）です。古くから農業の神様として敬われてきましたが、産業の発展に伴い、諸産業の神様としても崇敬を集めるようになりました。
稲荷信仰が広まった江戸時代、市中では稲荷神の分霊を他所へ移す勧請が盛んでした。こちらの稲荷社は赤坂5丁目に鎮座する「桶屋稲荷」で、第二次世界大戦後、赤坂氷川神社に遷されたといわれています。

山口稲荷

桶新稲荷の左側、手水舎の裏に鎮座しているのが末社である山口稲荷（やまぐちいなり）です。
第二次世界大戦前は、赤坂3丁目の山口邸に鎮座していた稲荷神社です。鳥居・左右の水盤・狛犬は江戸時代のもので、鳥居には享保三（1718）年、左の水盤には嘉永四（1851）年、右の水盤には文化十（1813）年・狛犬には文政八（1825）年と刻まれています。