祖霊殿

大寶八幡宮の祖霊殿は、御本殿に向かって北東に位置する境内施設です。祖霊殿は、江戸時代末期頃、飛騨の匠によって建てられたと伝えられています。
大寶八幡宮の社領には、かつて寺院が立っており、この建物も当初は大宝寺の護摩堂として用いられていました。その後、明治時代初期の神仏分離を経て、明治期には祈祷殿となり、現在は歴代の別当・宮司、ならびに神葬家の御霊をお祀りする祖霊殿として位置づけられています。
また、明治時代初期の神仏分離令により廃仏棄釈された石塔や墓石の一部は、長らく境内裏手に野積みされた状態でしたが、近年になって宮司により発掘・整理が行われ、あらためて慰霊されました。
このように祖霊殿は、かつて「護摩堂（ごまどう）」と呼ばれ、護摩祈祷と関わる空間として使用されてきた建物であり、用途を変えながら現在に至っています。大寶八幡宮に残る神仏習合期の名残を伝える、重要な境内施設の一つです。

白鳥神社

拝殿に向かって右手、社務所の脇に鎮座するのが末社白鳥神社です。応神天皇の祖父である、日本武尊（やまとたけるのみこと）をお祀りしています。出世、武運長久のご神徳があります。

祓戸神社

大寶八幡宮の末社である祓戸神社は、拝殿に向かって右手、社務所近くに鎮座する末社です。
祓戸神社の御祭神は、瀬織津姫命（せおりつひめのみこと）、速開津姫命（はやあきつひめのみこと）、伊吹戸主命（いぶきどぬしのみこと）、速佐須良姫命（はやさすらひめのみこと）の四神です。これらの神々は、罪や穢れを祓う神としてお祀りされています。そのため、本殿へ参拝する前に、祓戸神社で身を清めてから参拝する人もいます。
お社の前には、小ぶりな狛犬が左右に三体ずつ並んでいます。