一般的な神社は門をくぐった正面に本殿を造り主祭神を祀りますが、鹽竈神社は門をくぐった正面には左宮右宮を建て、左宮に武甕槌神、右宮に経津主神を祀り、主祭神は門をくぐった右手に別宮を建て、そこに主祭神である塩土老翁神を祀っている珍しい形態です。

別宮

2002（平成14）年、国の重要文化財に指定された別宮は、拝殿・本殿からなり、廻廊でつながれています。歴史ある神社のため社殿は何度も造営されていますが、現在の拝殿は元禄時代後期に建てられたもので、東西宮本殿を移築し、改造したものです。
木造素木流桧皮葺の本殿は1704（宝永元）年、伊達家の「元禄の造営」により建てられました。拝殿は朱塗りで、手挟み（たばさみ）や木鼻（きばな）、蟇股（かえるまた）には、龍や鳥などの彩色された彫り物が見られます。
一般的に、主祭神は門の正面に祀られているものですが、別宮は門の右手に主祭神をお祀りしています。これは海の神である鹽土老翁神に海難を背負っていただけるよう、海を背にしているといわれています。
また拝殿のみが朱塗りとなっていることにも、鹽竈神社ならではの理由があります。江戸時代、境内には神社を護る寺、神宮寺法蓮寺がありました。本殿では神職が祝詞を奏上、拝殿で僧侶が読経をあげていたため、その区分けと言われています。

御祭神・ご利益

主祭神である鹽土老翁神（しおつちおじのかみ）をお祀りしています。幅広いご利益を授かることができますが、塩土老翁神は潮の満ち引きを司る神として、安産守護のご利益が有名です。航海の神でもあり、海上安全のご利益も有名です。また海に関する仕事の守護のご利益もあります。

献魚台

別宮・拝殿に向かって右手には、航海安全を願う漁師や、漁から無事に帰港した漁師がお礼として魚を備える献魚台があります。マグロが載せられていることもあるようです。