祖霊社

大山祇神社の祖霊社（それいしゃ）は、本殿に向かって右奥、明治川をはさんだ丘の上に石段を上った先に鎮座する境内末社です。
祖霊社の祭神は、大国主命および信徒祖霊です。信徒祖霊とは、大山祇神社を篤く信仰してきた人々の祖霊を指します。祖霊社では、春分の日と秋分の日に祭典が行われ、春分の日には皇霊殿遙拝式と春季祖霊社祭、秋分の日には皇霊殿遙拝式と秋季祖霊社祭が斎行されます。これは宮中で営まれる皇霊祭にあわせて行われるもので、祖先を敬い、その御霊に感謝と祈りを捧げる祭儀です。
この地は、保延元年（1135年）に「神供寺」として創建されたと伝えられ、その後、月光山神宮寺と称されました。本地仏である大通智勝如来と大師像を祀り、四国八十八箇所霊場の本式の遍路を行う巡拝者は、本社参拝ののち当寺で納経をしていました。1856年の納経帳には「日本總鎮守 三島本宮 別當神宮寺」と記されています。ただし、55番札所が当所または別宮の南光坊であるという意味ではなく、追加参拝の位置づけであったため、札所番号は記されていません。
明治初年の神仏分離により、大通智勝如来は塔頭の東円坊へ移され、大師像は所在不明となりました。その後、出雲大社から大国主命の分霊が勧請され、現在の祖霊社として末社に位置づけられました。社殿は木造約50坪の建物でしたが、平成4年（1992年）10月に焼失し、のちに再建されています。
主要社殿が並ぶ区域からやや奥まった場所にあるため目立ちにくい社ですが、神宮寺の歴史を継承しつつ祖霊信仰を伝える社として、大山祇神社の祭祀構造を理解するうえで重要な存在です。

八坂神社・五穀神社

祖霊社に向かって左手に鎮座しているのが末社である八坂神社と五穀神社です。八坂神社の祭神は素戔嗚命・少彦名命です。例祭は6月14日です。五穀神社の祭神は宇賀御魂神です。例祭は3月15日です。