拝殿

拝殿は江戸時代中期の1777年に建立されました。入母屋造りで向拝に唐破風と千鳥破風が施され、屋根は銅版です。神話や龍などの多くの彫刻が施されています。
第50代天皇・桓武天皇の時代より朝廷の祈願所となり、江戸時代中期には備前藩主池田侯の祈願所となります。朝廷の祈願所でもあったことから、拝殿には菊花の紋章を見ることができます。
池田侯の信仰は篤く、正月・3月・9月と年に3回、藩主自らが参拝に訪れていました。明治時代になると神仏分離令が発布され、「由加神社」と「蓮台寺」に分けられます。ちなみに「蓮台寺」は「由加神社本宮」裏山にあり、境内の階段から行くことができます。
拝殿は歴史的な価値が高いと評価され2024年（令和6年）3月に国の登録有形文化財に指定されました。

本殿

本殿は1674年（延宝2年）に岡山藩により建てられました。
由加神社本宮の本殿は横から少し見える程度ですが、比翼入母屋造という入母屋造の2棟を1棟に結合した大変珍しい建築様式で、神社では由加神社本宮以外に、同じ岡山県の国宝である吉備津神社の本殿しかありません。そのため吉備津造とも呼ばれています。
本殿裏には巨石があり、当初は磐座信仰であったことが窺えます。
江戸時代の様式を留める建築物として、1961（昭和36）年、岡山県の指定重要文化財に指定されました。

御祭神・ご利益

御祭神は、手置帆負命（たおきほおいのみこと）・彦狭知命（ひこさしりのみこと）・神直日命（かみなおびのみおと）の3柱です。そして本地仏（神様が仏の場合）として、阿弥陀如来・薬師如来が祀られています。２尊合わせて由加大神とも呼ばれます。
由加神社本宮は厄除けのご利益が有名ですが、由加神社は「有求必應（ゆうきゅうひつおう）」の言葉が有名で「求めがあれば必ず応じてくれる」という意味であり、由加神社本宮の御利益は多岐に渡ります。他にも身体健全・交通安全・家内安全・商売繁盛・良縁成就・子宝成就・安産祈願・合格祈願・病気平癒など、ご利益はさまざまです。

玉垣

玉垣には多くの奉納者の名が刻まれていますが、本殿前の玉垣のなかに江戸時代の豪商・塩原太助の名を見ることができます。苦労しながら努力を重ね大商人となった塩原太助は「本所に過ぎたるものが二つあり、津軽屋敷に炭屋塩原」と歌にまで詠われるほどの成功をおさめた人物で立志伝型人物として戦前は大変有名な人物でした。
玉垣は「ゆがさん・こんぴらさん両参り」を行ったときに奉納されたものです。