大阪府指定天然記念物

方違神社のくろがねもちの木は、1973（昭和48）年に大阪府指定天然記念物に指定されています。
かつては方違神社に合祀された向井神社の境内にありましたが、向井神社の境内地は宅地化され、現在は神社南東のけやき通りの歩道となっています。
くろがねもちは暖かい地域に多く生育する常緑樹で、堺市内には他にもくろがねもちが生息していますが、方違神社のくろがねもちの木が幹周約4mで一番大きいとされています。樹齢は400年を超えていると言われています。昔は樹高12mだったといわれていますが、年を重ね樹勢が衰え、樹木の中央には大きな空洞がありますが、残った部分を鋼鉄の支柱で支えています。NPOおおさか緑と樹木の診断協会が剪定など管理業務を行い、くろがねもちの木を支えています。

堺市指定保存樹木

境内の「くすの木」と「いちょうの木」は、域の景観に魅力を与え、地域の歴史や文化を伝える大切な財産と認められ、1980年（昭和55年）3月15日に堺市指定保存樹木に指定されています。

石碑

ふたつの石鳥居に守られた境内には、歴史が感じられる多くの碑があります。
方違神社は摂津、河内、和泉の境の三国山（現在は三国ヶ丘と称される）にあり、
三令制国のいずれにも属さない地、方位のない地であるとして、酒造家・鳥井駒吉が、1892年（明治25年）に建てたものです。
また神功皇后が馬を繋いだ松があった場所には、「神功皇后御馬繋之松の石碑」が建っています。
そのほか「出屋敷若中石碑」や「平木林作石碑」、「天皇陛下御在位五十年記念庭」「詠草塚」「百度石」なども見ることができます。