すべて重要文化財の上末社

権殿の後ろの石段を登ると4つ並ぶ末社があり、すべて国の重要文化財に指定されています。向かって左から長者社、荷田社、五社相殿、両宮社です。

長者社

長者社（ちょうじゃしゃ）は伏見稲荷大社の末社で、御祭神は秦氏（当社旧社家）の祖神です。社殿は一間社流見世棚造、檜皮葺です。
長者社の社殿は、明応遷宮記録に境内社としてすでに現れており、天正の社頭図に本殿の北方に「長者社　西向」と描かれていました。社殿の化粧部材は、ほとんどが江戸時代初期の材が残されており、元禄7年（1694年）以前からある建物を現在地に遷したものと考えられています。
「山城国風土記」の逸文に
《伊侶具の秦公、稻粱（いね）を積みて富み裕（さきは）ひき。乃ち、餅を用ちて的と為ししかば、白き鳥と化成りて飛び翔りて山の峯に居り、伊禰奈利（いねなり）生ひき。遂に社の名と為しき》
『秦氏族「伊侶具」は、稲作で裕福だった。ところが餅を使って的として矢を射ったところ、餅が白鳥に代わって飛び立ち、この山に降りて稲が成ったのでこれを社名とした』
とあり、秦氏は伏見稲荷大社とふかい関係があり祀られたと想像されます。

荷田社

荷田社（かだしゃ）は伏見稲荷大社の末社で、御祭神は荷田氏（当社旧社家）の祖神です。社殿は一間社流見世棚造、檜皮葺です。
この社殿は、安元2年（1176年）、荷田氏の祖・荷大夫没後、「稲荷山の命婦社の南に社を造り霊魂を祀る」とあり、
「明応遷宮記録」（1499年）には、「命婦ノ南ニハ荷大夫明神在之云々」と記されているそうです。元禄7年に現在の地に再興されました。
伏見稲荷大社の創建には秦氏が深く関わりがありますが、荷田氏は秦氏の血族で、荷田宿禰の子孫とされています。

五社相殿

五社相殿（ごしゃいどの）は伏見稲荷大社の末社で、社殿は五間社流見世棚造の檜皮葺で古くは、1459年（長禄3年）の記録に現れる若王子社を始め、境内に祀られていた各社を境内に祀られていた各社を、1694年（元禄7年）に現地へと遷し、五社相殿に奉祀したものです。
向かって左から
蛭子社：祭神は事代主神
猛尾社：祭神は須佐之男命
若王子社：祭神は若王子大神
日吉社：大山咋神
八幡宮社：応神天皇
が祀られています。

両宮社

両宮社（りょうぐうしゃ）は伏見稲荷大社の末社で、御祭神は天照皇大神（あまてらすすめおおみかみ）、豊受皇大神（とようけすめおおかみ）です。社殿は二間社切妻見世棚造、檜皮葺です。
上末社の中でも両宮社だけ社殿の色も違い、千木・鰹木も見られ、祭神からも伊勢神宮からの勧請かと思われます。
1589年（天正17年）の社頭図に「伊勢雨宮南向再興」とあり、神明造の社が描かれていました。1694年（元禄7年）に現在の地に社殿が再興されました。