外拝殿の奥に、内拝殿と本殿があります。伏見稲荷大社は第一鳥居から本殿まで一直線に配置されています。

内拝殿

内拝殿（ないはいでん）は1961年（昭和36年）に創建され比較的新しい建物です。内拝殿の後ろに本殿が立ち、参拝者は内拝殿正面からお祈りします。
切妻造の銅板葺で、正面には弓なりの弧を描いた屋根である唐破風の向拝があります。
大瓶束の両側には鳳凰と花の花鳥の彫刻があり、蟇股には白狐が彫られており、尻尾の先に宝珠を付けています。

本殿

本殿の創建年は不明とされていますが、鎌倉時代と言われています。現在の本殿は、応仁の乱で焼失したものを、1494年(名応3年)に再建し、1499年(名応8年)に大造営されました。その後度重なる造営が行われ1589年(天正17年)に豊臣秀吉の時代と、1694年(元禄7年)には本殿向拝や末社などの造営が行われました。最新では1961年に稲荷社御鎮座1250年として、内拝殿が建造されました。
この建物の建築様式は、五間社流造を基本とした、屋根は檜皮葺で千木・鰹木を置かない形式です。
建築の特徴としては、全体的に美しい朱色の塗りと、稲荷造(いなりづくり)と言われ、特徴的な屋根の形です。側面から見ると前面が長い「へ」の形になっている美しい形になっています。軒下に施された絢爛豪華な彫刻が特徴的です。
1909年(明治42年)には、国の重要文化財に指定されています。

御祭神・ご利益

伏見稲荷大社の御祭神は宇迦之御魂大神（うかのみたまのおおかみ）、佐田彦大神（さたひこのおおかみ）、大宮能売大神（おおみやのめのおおかみ）、田中大神（たなかのおおかみ）、四大神（しのおおかみ）で祭神5柱をまとめて稲荷大神（いなりおおかみ）ともよばれます。 稲荷神は元々五穀豊穣の司る農業神でありましたが、稲荷系神社が全国に広がり、民衆にも信仰されるようになって、商売繁昌のご利益が有名になり、他にも家内安全や芸能上達、交通安全などのご利益もあります。

本殿裏から参拝

伏見稲荷大社は内拝殿から参拝しますが、本殿の裏側にまわって参拝する方もいます。
本殿の裏側は内拝殿から参拝するより神様の距離が近いので願い事が届きやすいとのことで一部の人には人気の参拝方法です。伏見稲荷大社側もこのような参拝があることを把握しており、裏側にも賽銭箱が用意されています。

本殿裏の山遥拝所

本殿の裏側には稲荷山の遙拝所があります。鳥居の絵馬がたくさん奉納されています。