本殿

拝殿の後ろには「本殿」があります。本殿は一間社流造の内殿三棟を一列に並べ、後から内殿三棟を流造の覆屋で覆った特殊な形式です。内殿三棟は一間社流造の檜皮葺で、覆屋は桁行五間の梁行三間流造で檜皮葺です。現存する日本最古の神社建築とも言われており、1060年（平安時代後期）に建てられたと言われます。
内殿は向かって右から、左殿に菟道稚郎子命、中殿に応神天皇、右殿に仁徳天皇を祀ります。拝殿も本殿も左右非対称に建てられていて、こちらも国宝に指定されています。

御祭神・ご利益

宇治上神社の御祭神は菟道稚郎子命（うじのわきいらつこのみこと）、応神天皇（おうじんてんのう）、仁徳天皇（にんとくてんのう）の三柱です。菟道稚郎子は応神天皇の息子で、幼少より聡明なため寵愛を受け皇太子になったものの、兄の仁徳天皇の方が天皇にふさわしいとして、即位せずに皇位を譲るべく自殺したという話が日本書紀に書かれています。菟道稚郎子は様々な学問を体得している中に儒教もありました。儒教では年少者は年長者を敬い、長男を重要視します。仁徳天皇より年下の自分が皇位につくのは教えに背くとの理由で皇位は譲ったのではないかと言われています。ただ古事記では単に夭折としか書かれていません。
菟道稚郎子が学問の神のご神徳がありますので、学業成就や合格祈願のご利益があります。