吉田神社の例祭の中で最も有名なのが節分祭です。室町時代から続く伝統行事で、「京都一の節分祭」とも称される大規模な祭礼として知られています。毎年2月2日（節分前日祭）、2月3日（節分当日祭）、2月4日（節分後日祭）の計3日間にわたって行われ、期間中は境内が参拝者で埋め尽くされる京洛屈指の行事です。
この節分祭は単なる豆まきではなく、古代宮中行事の流れを汲む本格的な神事として構成されている点が大きな特徴です。中心となるのは「疫神祭」「追儺式（鬼やらい）」「火炉祭」の三つの神事で、それぞれが厄除けの意味を持っています。まず前日祭として行われる疫神祭では、災いをもたらす疫神を鎮め、無病息災が祈願されます。
節分祭のメインイベントとなるのが、2日18時から行われる追儺式です。「鬼やらい神事」とも呼ばれるこの儀式では、黄金四つ目の仮面をつけた方相氏が松明を持った童子たちとともに現れ、赤鬼・青鬼・黄鬼を追い詰めます。そして、桃弓から葦矢を放ち鬼を祓うという、古式に則った迫力ある神事が展開されます。平安京鎮護の神として、また全国の神を祀る社として、鬼を追い払い人々の幸福と平穏を願う点が吉田神社の節分祭の大きな特徴です。
節分当日夜に行われる火炉祭では、古いお札やお守りを焚き上げる大きな火が灯され、その炎によって一年の厄を焼き払うとされています。この火炉祭は節分祭のクライマックスともいえる神事です。
また期間中は境内に多数の露店が並び、特に2日と3日には参道に約800店もの屋台が立ち並びます。その規模は京都でも屈指で、多くの参拝者で賑わう光景は冬の風物詩となっています。さらに、厄除けや魔除けの力があるとされる梔子色の神札を求めて、毎年約50万人もの参拝客が訪れます。
加えて、抽選券付きの厄除福豆を受けることができ、食料品や日用品のほか、高価な家電や車、旅行券などが当たる福引も行われます。参拝とともに運試しを楽しめる点も人気の理由の一つです。
このように吉田神社の節分祭は、伝統的な神事と大規模な縁日、そして参拝者参加型の要素が一体となった、日本でも屈指の節分行事となっています。