四脚中門・御廊

拝殿（舞殿）と本殿の間には、中門と御廊が配置されています。通常の参拝はこの中門の前から行い、参拝者は中門越しに本殿を拝する形になります。中門の内側には本殿があり、通常は内部へ立ち入ることはできません。
四脚中門および御廊はいずれも江戸中期の1672年（寛文12年）に建立されたもので、四脚中門は四脚の切妻造・檜皮葺の門、東西に延びる御廊は桁行4間・梁間2間の規模を持つ建物です。これらはともに京都府の有形文化財に指定されています。
中門の左右に接続する御廊は、本殿前面に沿って配置された廊下状の建物で、中門と一体となって本殿の前面を囲い込む構造を形成しています。これにより、本殿のある空間は明確に区切られ、参拝者は中門の外側から拝するという動線が定められています。

本殿

吉田神社本宮の本殿は、一般的な神社とは大きく異なり、春日造の社殿が四棟並ぶ独特の構成となっています。多くの神社では本殿は一棟のみですが、吉田神社では奈良の春日大社から勧請された四柱の神を、それぞれ独立した社殿に祀っているため、このような並立構造が採られています。
本殿は江戸時代初期の慶安年間（1648年～1651年）に再建されたもので、現在まで当時の姿をよく伝えています。檜皮葺の屋根と朱塗りの柱による春日造の典型的な様式を備え、京都府の有形文化財にも指定されています。

御祭神・ご利益

吉田神社本宮の本殿は、向かって右から第一殿・第二殿・第三殿・第四殿の順に並びます。第一殿と第二殿には厄除・開運の神である健御賀豆知命（たけみかづちのみこと）と伊波比主命（いはいぬしのみこと）が祀られ、第三殿には学問の神である天之子八根命（あめのこやねのみこと）、第四殿には女性に特別な徳を授ける比売神（ひめがみ）が祀られています。第三殿と第四殻の神は夫婦神とされ、良縁や縁結び、夫婦和合のご利益でも知られています。また、吉田神社は節分祭で広く知られることから、厄除開運の神としての信仰が特に厚い神社です。
なお、毎年4月18日には創建に由来する例祭が行われ、倭舞が奉納されるなど、現在も伝統的な祭礼が継承されています。